学校隶属于中国人民解放军总后勤部，学校机关设四部和研究生院，下设基础部、航空航天医学系、生物医学工程系、预防医学系、药学系、护理系、口腔医学系、护理士官系、研究生管理大队。校本部下辖三所附属医院，其中第一附属医院(西京医院)、第二附属医院(唐都医院)是现代化的综合性医院，第三附属医院(口腔医院)是全军唯一的、全国知名的口腔专科医院。
学校人才济济，教学科研实力雄厚。全校现有教、医、研人员2000余名，其中正副教授(含相当职务)700余名，中国科学院院士1名，工程院院士3名，长江学者14名，博士导师149名，硕士导师267名，享受政府特殊津贴专家273名，国务院学位委员会学科评议组成员4名。还聘请了周光召、杨振宁等80多位国内外知名专家为名誉教授或客座教授。
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