一、大学
日本的大学可分为一般大学与短期大学两大类，每类各有国立、公立、私立之分。各大学因形态与规模的差异，各有特色。各大学核发入学许可证的审查方法，均有不同方式。
【大学院】
即国内大学的研究所。分修士课程与博士课程，且根据大学的不同而设有研究生、听讲生的制度。大学院，组织以研究室讲座制为主。
【课程】
◆修士课程：同国内的硕士课程，大学以上毕业后，再修习二年的课程后，即为「修士课程修」了。若提出修士论文，并通过审查、口试后，即可获得修士学位。
◆博士课程：主要有二种形态：
博士课程五年一贯制[即前期二年，后期三年]：入学资格与修士课程完全一样，如东京大学经济学研究科即无修士课程，为博士课程五年制。修习二年课程后，即为「博士课程前期修」了。
博士课程后期：修士学位或博士前期课程修完以后，再研修习三年课程的后，即为「博士课程后期修」了，而获准提出博士论文，并经审查、口试通过后，即取得博士学位。
◆研究生制度：
此制度是日本特有的现象，异于正规生，不得修取学分，仅作特定主题的研究。因大学的不同，其资格限制也不尽相同。入学资格从五专、三专毕业到大学毕业、修士、博士课程毕业者，皆有资格申请。欲进入大学院成为正式课程生的前，大多数大学院均规定必须先以「研究生」身份申请入学。申请「研究生」入学，不必经过考试手续，只需提供所规定证件，得到欲进入的讲座[研究室]教授许可后，再经教授会议通过后，即可获得「入学许可书」办理入学。具备此身份的学生可取得「留学生」的在留资格。
◆听讲生、科目等履修生制度：
以非正规生的身份参加正规生课程的讲义，此等学生不能获取学位。听讲生不得修取学分，科目等履修生可修学分，两者的入学资格、选考方式均同留学生正规生招生方式，但为取得「留学」在留资格，每周需听讲十小时以上。
【选考方式】：
依各学系研究科的不同，其申请与选考方式亦有差异，大致有二种方式：
1、留学生与日本学生共同选考。
2、留学生特别选考。
【申请方式】：
主要可经由老师、该学科毕业的学长或个人直接写信与指导教授联系，提出个人研究计划书及相关证件，经教授及教授会议同意，取得入学许可后，来日进入研究室当研究生或听讲生，经过数个月或一年左右，在教授同意后，参加选考，合格后即可成为正式院生。日本大学院各校各研究科的入学申请资料，可参阅下列书籍：a「大学院案内」[东京图书出版]，介绍各研究科的教授科目与指导教官。b「外国留学生大学院入学案内」[亚细亚学生文化协会编、同文馆出版]。国内同学可在台北市交流协会图书室参阅「大学院案内」的书。已在日本就读日本语学校者，可参阅后者。
二、大学部(含短期大学)
【报考大学者须具有下列资格】：
1、取得留学或就学的签证者。
2、在中国受过十二年以上的学校教育者[即高中毕业]。
3、年满十八岁者。
4、在日本国内有身元保证人的保证者。
【申请】：
有的大学以资料审查，有的大学则采取资料审查和进行相关科目的口试作为录取与否的决定。另外，资料审查、笔试与口试并用大学也不少。在日本语能力方面有的要求必须具备充分的日语能力，有的则规定只要有初步的日语基础，入学后再以补习等各种方式来加强。由于日本各大学在接受留学生方面，有其独特的历史与传统，因此入学审查的方式也不采行统一规定。但每年财团法人日本国际教育协会均会举办「私费外国人留学生统一试验」与「日本语能力测验」，以供各大学自行举办留学生选考时，作为参考资料用。一般国公立大学和部分私立大学均将此两项试验列为第一次审查项目之一，对于想进入大学的同学，应参加此两项考试，并争取高分，以利于入学审查的通过。
三、 专门学校：
专门学校主要分为工业、商业实务、医疗、卫生、家政、农业、教育与社会福祉、文化教养等八大类。毕业生参加国家考试，取得各种资格、就业率极高。
一般进专门学校就读的学生，多先就读于日本语学校。然后参加考试，最近因外国留学生日增，法务省对专门学校的签证也有几项重要规定如下：
1、专门学校毕业后想继续念大学或大学院者，其在留资格更新条件是学习内容必须与大学的专业有持续性与一贯性，但以研究生或听讲生的身份申请，则很困难。
2、打算进入专门学校就读者，必须在「财团法人日本语教育振兴协会」所认定的日本语学校就读半年以上的日本语课程，且取得证明资料者。
3、必须通过由财团法人日本国际教育协会主办的日本语能力测验2级以上者。