图宾根大学共有7个院系，分别是新教神学系，天主教神学系，法学系，医学系，哲学系，数学与自然科学系，经济与社会科学系。该7个院系下拥有逾280个专业：
新教神学系：福音派神学，犹太教学
天主教神学系：天主教神学
法学系：法学
医学系：人类医学，分子医学，神经和行为科学，神经信息处理，牙科，细胞与分子神经科学
哲学系：埃及学，修辞学，普通语言学，古代近东语言文字学，美国研究，英/美研究，阿拉伯语，中世纪考古，计算语言学，德语，德语作为第二外语(德语教学法)，德国文学，英语，英语语言学，英语文学和文化，民族学，人类学/社会及文化人类学，法语，日耳曼学，德语语言学，历史，希腊语，印度学/南亚研究，跨学科美国研究，跨文化法国和德国研究，国际文学，意大利语，日本研究，古典考古学，韩语，艺术史，拉丁语，文学与文化理论，媒体研究，现代印度学，音乐学，哲学，哲学/伦理学，东亚地区的政治和社会，葡萄牙语，俄语，瑞典语，汉学，汉学/中国研究，斯拉夫文学与文化研究，斯堪的纳维亚学，斯拉夫语言学，斯拉夫研究，西班牙语，日本语言与文化，罗曼语文学，罗曼语言学，中东地区的语言，历史和文化，土耳其语，史前史和早期历史，史前与早期考古学，史前，早期与中世纪考古学，近东考古学，近东考古学和巴勒斯坦考古学
数学与自然科学系：天文学，环境地质学，生物化学，生物信息学，生物学，化学，地理，地质生态学，地球科学，人文地理/全球研究，计算机科学，认知科学，数学，媒体计算机科学，医学计算机科学，纳米科学，科学和技术，科学考古，古人类研究，自然地理/景观系统科学，药学，心理学，环境科学，中学教育心理学
经济与社会科学系：会计与财务，商业管理，欧洲民主与治理，经济与工商管理，
经济学和金融学，教育研究与教育心理学，文化学，成人/继续教育学，欧洲经济研究，教育学，欧洲管理，教育研究与发展，社会教育学/社会工作的研究与发展，和平研究和国际政治，综合管理学，国际工商管理，国际经济研究，管理经济学，政治学，政治学/经济学，数量经济学，中学研究与中学发展，社会教育学/一般教育学，社会学，体育学，体育科学，体育科学与健康促进，体育科学与体育管理，国民经济学