德国工业中的强势项目，制药业的营业额在德国工业营业额中排名第二，拜尔医药列欧洲医药企业的第4位。海德堡大学设有马普协会的医学研究所、德国癌症研究中心等科研机构。其研究成果在世界上都享有一定声誉，其医学总系下有各类专业和系。这里培养出了两位诺贝尔医学奖得主，阿尔布莱希特考索尔(AlbrechtKossel)，在蛋白质和核酸研究中取得巨大成果，获1910年诺贝尔生理学医学奖;研究生物反应链取得成果，获1922年诺贝尔生理学医学奖。
柏林自由大学拥有德国最重要的医学培训中心，每年都有成千上万的人在柏大接受治疗。科隆大学的治疗教育系(HeilpaedagogischeFakultaet)是全世界最大的特种治疗系，基尔大学医院对骨盆腔检查的器械和外科手术的发展，以及对世界范围内最少感染外科手术的发展具有决定性的影响。波鸿鲁尔大学德国研究协会的莱普尼茨奖授予了这个大学的医学系。
