学院的前身是刘伯承元帅任院长的中国人民解放军军事学院海军系，创立于1952年5月16日1957年10月8日，海军系扩建为海军军事学院。1960年10月1日，学院改称为海军学院。1973年，中央军委决定在
原海军学院院址组建海军军政干部学校。1978年1月，海军军政干部学校恢复为海军学院。1986年6月9日，改称海军指挥学院至今。学院成立以来，一直受到党和国家领导人的亲切关怀，毛泽东、刘少奇、朱德、董必武、陈毅、叶剑英等老一辈无产阶级革命家都曾接见过学院干部、学员或来院视察工作。1991年5月20日，中共中央总书记、军委主席江泽民亲笔为学院题写了院名。学院坚持"教育要面向现代化、面向世界、面向未来"，认真贯彻"院校教育必须为军队建设服务，适应和平时期部队建设的需要，适应未来战争的需要"的办学思想。1989年，学院"海军图上战役演习改革"获国家优秀教学成果特等奖和军队级一等奖;1993年学院"海军战役战术指挥计算机模拟训练"成果获国家优秀教学成果二等奖和军队级一等奖。在中国人民解放军首次到南太平洋海域试验远程运载火箭、舰艇编队出访首赴南极考察、收复西沙保卫南沙，以及重大海上演习中，都有学院毕业学员担任指挥工作，他们表现了高度的政策水平和较强的组织指挥能力，为贯彻党的路线方针政策和军委战略方针作出了重要贡献，为我军和人民海军赢得了誉。学院在国际上的声誉日益提高，先后接待过美国军事教育代表团、美国军事训练代表团、巴基斯坦海军参谋学院代表团、美国海军军事学院等多个国家各类军事代表团和单个人员来访，并先后多次派出领导干部和教研人员出国访问、参观、讲学和参加国际学术会议。
学生待遇：
1.学生入学按国家有关规定，可办理户口迁移手续。学生毕业时学校发放就业报到证。
2.学院对学生实行准军事化统一管理，学生穿军装。
3.学生学习期满成绩合格者，颁发国家承认、可在网上查询的普通高校本科学历证书;属国民教育系列，享受与地方大学学员同等待遇。符合学士学位授予条件者颁发学士学位证书，可报考军、地院校研究生。
4.学生凭借学院证书，免去所有旅游景点门票，海军旅馆等均不收费，享受军人待遇。
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