1999年，康斯坦茨大学将全校分为3个院，这3个院包括了13个系：(一）数学和自然科学院，其中包括数学和统计学系、信息工程和信息科学系、物理系、化学系,、生物系和心理学系；（二）人文科学院，其中包括哲学系、历史和社会学系、文学和语言学系；（三）法学、经济和管理学院，其中包括法学系、经济系、政治系和管理学系。
2001年，大学24小时开放的图书馆正式启用，这在德国也是一个创新。
2007年10月19日，德国精英大学评比第二轮结果公布，康斯坦茨大学成为“未来计划”（Zukunftskonzepte）的六所获奖大学之一，而康斯坦茨生物化学研究所（Konstanz Research School “Chemical Biology”）也在“研究生院”（Graduiertenschulen）的评选中得奖。
康斯坦茨大学现有来自92个国家的学生共10076人（06-07冬季学期）。为了吸引外国学生，并能更快地和国际接轨，大学提供越来越多的英语授课课程并引进欧洲学历评价系统(ECTS) 和学士-硕士学制。大学现与美国、加拿大、以色列、中国、欧洲和非洲多个国家的60余所高校建立了合作关系和交流项目。另外还有欧盟“苏格拉底”、“伊拉姆斯”项目（Sokrates-, Erasmus-Programm）范畴内的100多项高校合作。大学背靠吉斯山，俯瞰博登湖，是德国极少数几个校园集工作与生活情趣于一身的大学之一。学生的校园生活多姿多彩。他们可进行的体育项目达60多项，如冬季可以滑雪，夏季可以进行水下活动。大学名人有语言学家A?阿斯曼（Aleida Assmann），化学家汉斯-赫尔伯特（Hans-Herbert Brintzinger），历史学家鲁道夫（Rudolf Schlögl）等。