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从额外收入上看，2009年之前，两院院士津贴标准才每月200元，从2009年1月1日起，调整为每人每月1000元。
秦伯益说，这是国家给的，地方或单位还有津贴。有每月1万元的，地方越小给的越多，大的地方倒是不在乎，“我自己拿到部队给的是每月5000元”。
这些还只是小头，正如上面的济南大学，就明确开出了年工资200万元的天价。
难怪中国科学院院士、清华大学教授王宇（应采访对象要求化名）感叹：“清华的院士，很羡慕有些地方的院士，这些地方把院士捧上了天。”
院士变得奇货可居，源于机械的量化考核。王宇说：“近些年来，院士被炒得很热，就因为院士成了一些单位的标志。比如，我在清华大学，有五六十个院士，有的学校只有几个院士，有的学校没有，大家就认为地位不如人家，所以各个单位想办法包装院士、招揽院士，甚至搞双聘院士。”
秦伯益也说，现在社会普遍认为，院士给本单位身价提了很多。比如，原铁道部有5个院士，铁道部就好像很神气似的。“把院士群体当做单位的实力，所以有的学校巴不得自己有个院士。”
正因为这样，院士的待遇被推得很高，各地竞相在待遇上加码，既希望能够招揽来院士，又担心本来有的院士被更高的待遇挖了墙角。
沈国舫认为高待遇可以理解：“有些省院士少，物以稀为贵，给好待遇这种倾向是有的。他觉得人才宝贵，希望保住他们。”
但他说，有超高收入的院士毕竟只是少数，院士收入不均，很多院士收入并不高，可能平均一年二三十万元都达不到，“跟国企老总比，这点收入算得了什么？”
周世宁也否认院士收入太高：“我反而觉得，中国院士待遇不是太高，而是太低，这牵涉到对知识的评价问题。”
何祚庥也认为院士跟物质利益挂钩无可厚非：“袁隆平贡献很大，贡献大就多拿吧，我不眼红。”
除了明面上的收入，院士还有不少隐性收入。一是课题收入，二是评审、兼职、讲课等方面的收入。
秦伯益说，拿课题正是很多院士热衷去干的事，一个是为自己课题捞钱，一个是让别人挂你的名申请课题，帮别人捞钱，自己再收获利益，“他组织他的学生来申请，自己当评委。现在不得了，经费弄下来几千万上亿元，利益巨大”。
对于社会活动，秦伯益说，院士确实会有各种社会邀请，参加评审、讲座、会议什么的，“总会给你些报酬的，每一笔报酬不算多，但是你做活动多了，那又是一份工资了”。
至于社会兼职，刊发于2012年5月《学习时报》上的一篇文章，有这样一份统计：“在783名中国工程院院士中，共有5610个兼职，人均兼职7.2个。”
已故中国工程院原副院长潘家铮对上述问题也有反思。他曾建议，除国家发放的院士津贴外，各单位不应再重复发院士津贴。应该把院士薪酬与院士承担科研项目的经费区分开来，后者处于严格管理之下，不成为变相收入。他也反对院士挂名兼职领取报酬甚至高报酬，认为即使不是“贪污受贿”，也不符合院士道德行为规范。
院士还有一个备受社会诟病的是“副省级”待遇。沈国舫说，各地对院士确实是按照副省级待遇对待的，医疗、住房等标准都要提高一步。“本来不是坏事，但一跟级别一套，就不好了”。
王宇也说，院士不是官位，也不是权力，只是一种称号，称号是荣誉性的，跟权力是两码事。“配车配房是不对的，副省级待遇没必要，应该跟行政级别脱钩，院士就是搞学问的。”
院士推荐制度部门利益化
一些国外科学院的院士推荐制度，不止一次地被拿出来与中国比较。
知名学术打假人士、学术科普作家方舟子向记者举例，美国的院士推荐是在保密状态下进行的，通常由院士推荐人准备候选人的材料。在此之前，候选人几乎没有任何私下操作的空间。
“我们也有由院士推荐的制度，但是我们还增加了部门推荐、学会推荐。比如，教育部、中国科协都可以推荐院士候选人。”北京大学原校长、中国科学院院士陈佳洱说。
2012年12月，中国工程院主席团会议审议通过的《中国工程院院士增选工作实施办法》规定，候选人有院士、单位或全国性学会三种渠道进行提名。
第一种是由院士提名候选人，每位院士至多可提名两位候选人。候选人获得不少于本学部3位院士的提名方为有效。
第二种是单位提名，“中央、国务院各有关部委、直属机构、直属事业单位，各省、自治区、直辖市和中国人民解放军系统，所属范围和地区内的设计、研究、建造、运行单位和高等院校、企业、事业单位等可按组织系统提名候选人。”
第三种是全国性学会提名：“中国科协所属的有关全国性学会可按学术团体组织系统提名候选人。”
陈佳洱告诉记者，如果在院士推荐制度中存在
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