协恩中学的历史可追溯至1886年，英国传道会创办女子汉文学校—飞利女校。该校设于般咸道，创校目的是为华人基督徒的女儿们教授基本知识。其后曾跟圣士提反女子中学一同迁往巴丙顿道同一校舍，但两校依然独立运作。而圣士提反女子中学于1924年迁往列提顿道后，飞利女校于五年后增建东翼校舍，并开设中学部。
1936年，奉教育司及圣公会教区之命，飞利女校与另一间圣公会女校：维多利亚女校暨孤儿院(同样创立于1886年，位于九龙城农圃道)合并创立新校，除解决两校发展空间不足的问题外，并藉此见证上帝恩典。
1936年10月23日，正当飞利和维多利亚两校在庆祝各自的金禧校庆之际，时任香港总督郝德杰为位于农圃道的新校主持奠基礼。校舍于翌年5月18日落成，由何明华会督主持献校礼;并于翌日正式上课。新学校取名为“协恩”—取“两校协作以见证神恩”之意;而校训更加说明了校名当中的意义：“协力藉恩，信主爱群”。
协恩中学原本为女子中文中学，然而现在已成为了香港114间英文授课中学(即EMI学校)其中之一。
