白宫表示非常了解潜在可能发生的负面影响，将与大学院校商议修改这套系统。教育部官员则已经与多位大学院校代表及研究人员讨论过，将举办公开研讨会收集整理意见。美国教育部(Department of Education)部长邓肯(Arne Duncan)表示，「我们非常谦虚及谨慎地在办理这件事。」下列三项为教育部希望获得建议的项目。
1、数据资料不够健全。
有人士指出，欧巴马政府使用的部分资料不够完整。例如，联邦政府使用的毕业率，仅计入第一次毕业的全职学生，且毕业生毕业后的收入资料也有限。而使用有缺陷的数据来进行评鉴，对大学院校相当不公平，并且可能误导学生。
欧巴马政府表示，知道数据并不完备，也不应当以此为藉口而裹足不前，完全不採取行动。邓肯表示，「数据永远都不是完美的，我们会尽可能妥善运用这些数据。」
2、对那些最有需要的学生提供服务的学校来说，评鉴系统可能是种惩罚。
欧巴马政府行政主管表示，针对那些有效为学生需求提供服务的学校，评鉴系统可给予奖励，并且可以让学校之间做比较。但评鉴系统要如何将学校分类，尚不清楚，许多学院深怕因为收低收入户学生及弱势学生，在评鉴系统中获得低分而遭到惩罚。
同时，训练对社会举足轻重但收入不高的专业人士的学校，如教学和社会志工，和产出顾问、银行投资人士的学校比起来，前者看起来似乎获得的分数会较低。就连评鉴系统中的「毕业生薪资」，也暗示着薪水高就是比薪水低要来得好，却忽视了薪资可随着时间提高的这项特点。
3、评鉴系统将因为学校和学生无法掌控的因素而惩罚他们。
公立学院代表提醒教育部，学费的增加通常是因为州政府预算删减所造成，因此希望教育部在评鉴学费时，将这一点纳入考量。他们担心丧失了联邦政府的补助后，州政府的预算删减将雪上加霜，加大财政富裕和拮拒学校之间的落差。
以上是对美国新大学院校评鉴系统面临三大挑战的相关介绍，希望能对大家有所帮助!