第二学群为文化·生物学群，这是跨学科的学群，下分5个学类：比较文化学类(含有比较文学、地域文化学、现代思想学)，日本语言文化学类(仅有日本语言和日本文化一专业方向)，人际学类(有教育学、心理学、心身障碍学)，生物学类(含基础生物学、应用生物学两大部门)，农林学类(有水产生物资源、生态环境、生物应用化学、生物水产组织等)。
第三学群为经营·工程学群，这是新的构想和尖端科学组成的学群，下分5个学类：社会工程学类，含有社会经济、经营工程、城市规划等;国际关系学类;信息学类，有信息科学、信息工程;系统工程学类，含有知识工程系统和操作工程系统;基础工程学类，含有物理工程、材料和分子工程、转换工程、构造工程等。
医学专业学群，含医学、新医学;
体育专业学群，有体育学、运动学、健康体质学;
艺术专业学群，有艺术学、美术、构思创作和设计等。
筑波大学的研究生院分成硕士课程和博士课程两类要求不同的教学部门，下设研究所，前者为8个，后者为19个。
硕士课程的研究科有：教育研究科含有障碍儿童教育、教育科学教育、咨询3专业方向;经营·政策科学研究科含经营·政策科学、系统经营科学、企业法等;体育科学研究科含体育方法学、教练学、健康教育学等;艺术研究科含美术和设计两个专业方向;还有地域研究科、理工科研究科、环境科学研究科和医学研究科。