★ 理解进化分析与亲缘树的关系，了解三种进化分析算法(最大似然法、距离法和最大简约法)。
★ 掌握多种生物信息数据的可视化软件，包括从头组装数据、变异发掘数据、扩增子深度测序数据、基因表达数据和表观遗传学数据等。
★ 掌握开放阅读框的预测方法，理解重复序列对基因预测的影响，掌握微生物基因组的基因预测，理解真核生物基因预测与外显子识别的关系，了解启动子预测与调控模式的关系，了解转录因子结合位点的概念及作用。
★ 了解原核生物与真核生物基因组分析的异同点，理解同源性识别与蛋白组分析，掌握基因组分析与进化的关系，了解功能基因组研究方法。
★ 掌握序列变异的检测方法、工具、评估及注释流程。
★ 掌握转录组分析基本方法，理解基因表达差异分析及代谢网络分析的算法和软件。
★ 了解染色质免疫共沉淀技术，掌握ChIP-seq数据处理流程。
★ 掌握蛋白质结构的组成和层次，理解序列相似性与结构相似性同蛋白质分类之间的关系，掌握蛋白质结构预测方法，包括二级结构和三级结构。
主要参考书目
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序号
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书名
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作者
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出版社
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1
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第二代测序信息处理
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S.M.布朗
吴佳妍，肖景发，于军（译）
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科学出版社
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2
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基因组III
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T.A.布朗
袁建刚（译）
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科学出版社
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3
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生物信息学：序列与基因组分析（英文版）
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David W. Mount
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科学出版社
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