日本大学设有法学部、文理学部、经济学部、商学部、艺术学部、国际关系学部、理工学部、生产学部、工学部、医学部、齿学部、松户齿学部、生物资源科学部、药学部这14个学部总共83门学科所构成。大学院又法学研究科、文学研究科、综合基础学研究科、经济学研究科、商学研究科、艺术学研究科、国际关系研究科、理工学研究科、生产工学研究科、工学研究科、医学研究科、齿学研究科、松户齿学研究科、生物资源科学研究科、兽医学研究科、药学研究科、综合科学研究科、全球商务研究科、综合社会情报研究科、法务研究科共20个研究科，短期大学部则设有6学科一专攻，此外还设有通讯教育部。