交通运输：
学院是中国最著名的交通工程学院，曾经是赫赫有名的国立交通大学唐山工学院的铁道管理系。在城市轨道交通系统规划、物流系统规划及优化、驾驶员身心条件及心理测评技术、智能交通应用技术开发等学科在地铁、物流配送、人机和环境工程、智能交通技术等方面拥有不可代替的地位。上海磁悬浮列车、长江三角洲之间的子弹头列车，这些先进的交通工具代表着未来铁路交通发展的方向，而西南交大正是在这方面有着一技之长。这里还拥有交通运输工程这个国家重点学科和特色学科，在国内同类研究领域国家级学科中也是赫赫有名的!
电气工程：
学院主要从事电气工程学科和电子信息学科的科学研究和人才培养工作，“电力系统及其自动化”是国家级重点学科，电气工程及自动化是国家特色学科，培养出的电子类人才基本上都去往各大铁路局，地铁主要是依靠电力能源运行，因此许多电气学院的学生被高薪聘请到上海、南京、广州等地铁运营大市。随着城市轨道交通建设的不断深入，这个专业的人才也越来越抢手，校友已经遍及海外。电气学院的“磁悬浮列车与悬浮技术研究所”、“电气工程研究所”、“磁悬浮列车与磁力工程应用”等重点研究所和实验室可是几块金字招牌，磁悬浮列车的研究国内第一，世界领先。
土木工程：
西南交通大学的前身山海关铁路官学堂建校时仅仅设有土木工程系一个系，是我国高校最早成立土木工程系的，由此西南交通大学也成为中国近代土木工程高等教育的一个重要发祥地。如今的西南交大土木工程学院有国家重点学科“桥梁与隧道工程”学，国家级特色学科“土木工程”等优势专业。结合西南地形复杂的特点正在发挥着不可替代的作用。