霍普金斯的研究活动极其活跃。作为一所注重研究的学校，霍普金斯大学对培养学生的分析和理解能力十分重视。不像众多的美国研究型大学，霍普金斯大学在本科三年级阶段就要求学生选择课题，从事研究工作。无论是文、商、理、工科学生都被强烈鼓励参加科研项目，让学生较早就接触、了解和掌握前沿学科的最新动态。霍普金斯的本科生有许多机会参与重要的课题研究。约80%的本科生在校四年期间从事过至少一项独立研究，并且很多时候是与该领域的顶尖研究者合作。
为了确保学生有机会参与不同学科的研究项目，霍普金斯大学采取了两条有力的措施。一条是把各学科的班级控制在不超过50名学生的范围之内，为师生的交流，为老师指导学生提供足够的便利。在师生人数比例1：8的情况下，霍普金斯大学有足够的一流教授在课堂上和实验室里与学生一起探讨问题，一起寻求真理。
另一条是充分利用霍普金斯大学的学术威望和校友关系，为学生争取在着名实验室、医院、公司和政府机构的科研和实习机会，使他们尽早了解现实世界对他们的期望所在，同时又为学生们发挥潜能创造理想的条件。霍普金斯大学的工学院、医学院、公共卫生学院、商学院，以及国际关系学院的学生在这方面尤其受益。
与其他注重抽象性理论研究的大学不同，霍普金斯大学的研究侧重于应用性研究。在霍普金斯大学的各个学科领域，教授和学者们都无一例外地强调知识的实用价值。心理学、人类学和文化研究的教授们借助各自的学科知识，告诉学生这些知识对认识自己、互相沟通、促进了解的重要作用；工程学、医学、计算机科学的教授们则在他们各自相关学科领域，向学生传授掌握技术知识的实际本领，帮助他们到这个竞争激烈的社会里去拼搏；国际问题和经济问题专家们通过现实世界中的种种实例，让学生明白，世界上的许多争端和矛盾可以假借政治学家和经济学家的智慧和经验得到妥善的解决。由于理论知识和实际运用相结合，学生们在霍普金斯大学学到的东西相当实在，真正达到了“经世致用”的目的。
基于这一原因，霍普金斯大学对自己颁发给学生的学位证书感到极为自豪，认为霍普金斯大学的学位证书“含金量”很高，标志着学生在掌握实际本领上取得了相当程度的成绩。而一代又一代霍普金斯的毕业生们，则用他们在霍普金斯大学学到的知识、受到的训练和养成的习惯作为起点，在各自的新岗位上发挥才能，成为美国各个重要领域里的杰出人物。
据统计，霍普金斯大学的本科毕业生中，近三分之二进入研究生院或是考入医学和法律等专业学院深造。这一比例在全美大学中属最高之列。
四、科学研究
尽管为一所私立大学，霍普金斯常年获得美国联邦政府的巨额科研拨款。2000财年，霍普金斯获得美国国家航空航天局（NASA）9540万美元的研究拨款，使其成为该领域科研经费最高的研究机构。2002财年，霍普金斯成为第一所总研究经费和联邦政府研究拨款两项均超过10位数（10亿美元）的大学（至今还没有其它大学大打破这项纪录）。在2007财政年约翰霍普金斯大学共从国家科学基金会、国家卫生研究院、国家航空航天局以及美国国防部获得超过15亿美元的科研经费。根据美国自然科学基金会（NSF）的统计，霍普金斯大学在科学、医学和工程学的研究开支连续三十年位列全球第一。截止至2008年有130名美国科学院、工程学院、医学院、文理学院院士就职于约翰霍普金斯大学。截止至2005年共有8位约翰霍普金斯大学的科研人员获得美国国家科学奖章。
由于政府资助的对象通常是较实用且具有一定迫切性的学科，因此相对而言，人文与艺术学科获得的资助较少。尽管如此，霍普金斯的人文与艺术学科排名依然十分靠前。以人文学科为例，霍普金斯大学的写作研讨班（Writing Seminars）驰誉全美。在这个富有特色的写作研讨班里，学生们在教师的悉心指导下，认真研读英美名作家的经典之作，寻求和探索他们的写作风格和写作技巧，然后把名作家的写作方法应用于自己的写作练习之中，从中感受艺术大师的写作经验。在社会科学方面，霍普金斯大学政治系的国际研究课程不仅在该校是最受欢迎、选修学生最多的课程，而且在全国高校的同类学科中属于佼佼者。霍普金斯大学的高级国际研究学院（SAIS）成立于1943年，1950年成为约翰·霍普金斯大学的一部分，其宗旨是为“有志于在政府、国际组织、商业、银行、新闻、教育和研究机构任职的人提供研究生层次的培训”。在过去五十多年里，高级国际研究学院为美国政府和国际组织培养了人数相当可观的外交人才
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