北医设有6个学院：基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、公共教学部、医学网络教育学院，8家附属医院和13家教学医院，承担临床医学的教学、实习任务和向社会提供医疗保健服务。
北医共有在各类在校学生2.8万余人，其中博士生1757人，硕士生1891人，本科生2951人，专科生612人，成人教育学生4210人，留学生553人，网络教育学生16133人。另外，博士后在站人数75人，2008年累计出站451人。
北医拥有大批国际、国内知名的医学教育、研究、临床方面的专家，其中具有高级职称2130人，两院(中国科学院、中国工程院)院士11人，国务院学位委员会学科评议组成员9人，长江学者17人，博士生导师279人，国家有突出贡献专家16人，入选人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选4人，入选教育部“新世纪人才支持计划”37人。
北医目前拥有3个国家一级重点学科，12个国家二级重点学科，1个国家重点实验室，10个部级重点实验室，2个部级研究中心。1981-2006年的25年间，承担了国家“六五”、“七五”、“八五”、“九五”、“十五”、“十一五”国家科技攻关的重点项目、国家自然科学基金项目及“863”、“973”等相关重点项目，获得多项国家级和省、部级科研成果，“十五”期间，医学部承担国家和省部级科研项目1099项，总经费达3.827亿元人民币;发表的SCI收录论文1347篇，连续数年在全国医学学科领域排名第一。在国际顶尖级杂志如《自然》及其系列杂志、国际著名医学期刊(《新英格兰医学杂志》、《柳叶刀》、《英国医学杂志》)发表了一批高水平论文或综述，在基础医学、临床医学、公共卫生和预防医学及药学等学科领域取得了多项标志性成果。多门课程被评为国家级和北京市级精品课程。
北医与国际上著名的大学和科研机构在人才培养、科学研究、学术研讨等方面开展了广泛的交流与合作。如互派人才进修与交流、举办大型国际学术会议、邀请国外、境外知名学者作各类学术报告、与国外著名大学和科研机构搭建高水平的学术交流平台。近年来，已与海外75所学校签订了合作协议，如杜克大学、耶鲁大学、约翰霍普金斯大学、哥伦比亚大学、爱默里大学、世界卫生组织(WHO)、美国国家卫生研究院(NIH)、美国疾病预防控制中心(CDC)等。建立了5个中外合作中心和58个学生交流活动项目，设立了22项国际学生交流奖学金项目，搭建起国际医学教育资源共享的平台。通过与中华医学基金会、WHO、NIH、CDC、世界银行、霍普金斯基金会等国际机构保持的良好工作关系，获得了更多的科研与人才培训基金。广泛的国际交流与合作，促进了北医的人才培养与医学科学研究的进展。
2000年与北京大学合校后，北京大学医学部本着“实事求是”与“发展是硬道理”的原则，采取以条块结合，逐步融合为方针的管理体制，利用合校后的学科综合优势，不断发展学科建设，推动医学教育改革与科学研究，努力改善基础设施条件。启动并不断探索医学、药学与预防医学学生长学制的培养模式，大力推进医学学科与理科、人文社会学科的交叉，学科建设更是得到有力加强，学科布局进一步优化，促进了基础医学与临床医学、医学和药学、预防和治疗的结合，促进了生物医学与数学、物理、化学、力学、电子学等多学科的交叉，形成了人体干细胞工程研究与应用、人类功能基因和疾病基因研究和循证医学等若干个新兴的交叉学科群。在此基础上，医学部完善和建立了一批科研和技术平台，同时根据学科发展和重大疾病防治研究的需要，利用北京大学学科齐全的综合优势，成立了糖尿病研究中心、医学遗传学中心、衰老研究中心、感染病研究中心等研究机构。北京大学生物医学跨学科研究中心也得到了发展，为开展多学科或跨学科合作研究、面向国家重大需求与承担国家重大任务创造了更加有利的条件。
今天的北京大学医学部正在飞速发展，这所由中国政府创立的第一所医学院校，在国家的大力支持下，秉承“勤奋，严谨，求实，创新”的学风和“坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热忱服务的献身精神”的校风，以更坚实有力的步伐，在创建世界一流大学的进程中再创辉煌，实现她自己的最高目标：尽其所能，为了人类健康事业的发展，创造世界一流的医学教育事业。
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