中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂(南洋公学)船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1928年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，上海海事大学主体搬迁临港新城。2004年11月19日，新校建设破土动工，并于2008年10月基本建成。校园占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米，绿化率52%，水域面积8万平方米。新校区及其完善的功能配套设施将成为学校更好地为上海国际航运中心建设、为中国和世界海运事业发展服务的一个新的平台。
学校设有2个博士后科研流动站，1个一级学科博士点，7个二级学科博士点，2个一级学科硕士学位授权点，28个二级学科硕士学位授权点，6个专业硕士点(包括工商管理硕士MBA、高级工商管理硕士EMBA、法律硕士、翻译硕士、工程管理硕士、工程硕士，其中工程硕士包括交通运输工程、船舶与海洋工程、电气工程、机械工程、计算机技术、电子与通信工程、项目管理、物流工程等8个领域)，43个本科专业，15个高职专业。拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地——上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地(上海航运中心建设研究方向)等省部级重点研究基地。上海国际航运研究中心挂靠学校。现有1个国家重点(培育)学科(交通运输规划与管理)，4个国家级特色专业(航海技术、物流管理、机械设计制造及其自动化、轮机工程)，6个部市级重点学科(交通运输规划与管理、载运工具运用工程、轮机工程、港航电力传动与控制工程、物流工程与管理、管理科学与工程)，17个上海市本科教育高地。设有水上训练中心，拥有万吨级“育锋”教学实习船，“天鹰”、“天琴”两艘无限航区远洋训练帆艇及29艘水上训练艇。
2008年以来，年度科技经费超过2.0亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。
实行校、院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院、信息工程学院、外国语学院、海洋环境与工程学院、法学院、中荷机电工程学院、文理学院和徐悲鸿艺术学院等二级办学部门。在20000余名全日制学生中，有本科生14000余人，各类在校研究生2500余人。在近900名专任教师中，有教授110余名，具有博士学位的教师比例超过35%。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了5万余名毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。
与世界海事大学、西澳大利亚大学、荷兰马斯特里赫特管理学院和荷兰泽兰德大学及美国圣马丁大学等院校进行合作办学。与荷兰鹿特丹伊拉斯穆斯大学、波兰格丁尼亚海事大学、新加坡理工学院、日本东京海洋大学、日本神户大学、韩国海洋大学、埃及阿拉伯科技与海运学院、美国加利福尼亚海运学院、美国缅因海运学院、美国麻省海运学院、加拿大纽芬兰纪念大学海运学院、英国利物浦?摩尔斯大学等院校签署了合作协议。此外，学校还与英国剑桥大学、英国卡迪夫大学、德国汉堡应用技术大学、美国纽约州立大学海运学院、波罗的海国际航运工会、日本邮船株式会社、丹麦诺登轮船公司、意大利船级社、法国布雷斯特科技园区、美国福茂集团等建立了密切的合作关系。中国—新加坡经贸合作网站信息采编中心和中国—印度尼西亚经贸合作网站信息采编中心设在我校。
学校将立足航运，依托上海，服务全国，面向世界，充分发挥自身的专业特色和学科优势，为建成世界高水平的海事大学而努力奋斗
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