学院现设有海关管理系、海关经济系、海关法律系、海关外语系、公共基础教学部等五个教学系(部);设置了分属管理学、经济学、法学、文学等四个学科门类的7个本科专业和2个专科专业。其中，法学、税务专业分别是教育部第二、三批高等学校特色专业建设点。目前全日制在校生1，712人。学院的主要任务是立足海关，培养符合海关事业发展要求的复合型、应用型人才;面向社会，培养符合经济社会发展要求的经贸、物流、报关专业人才;并积极开展海关理论研究和国际交流。学院同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务;并根据世界海关组织(WCO)的分工和亚太区域国家和地区的要求，逐步承担该区域海关人员培训任务，履行相应的国际义务。
学院现有专任教师133人，其中教授17人，副教授36人，具有高级专业技术职务教师占专任教师的比例为40%。具有博士学位教师19人，占专任教师总数的14%;硕士81人，具有硕士、博士学位的教师占专任教师总数的75%。师资队伍结构合理，教学科研水平较高。学院设有海关管理研究所和海关国际问题、海关法、海关风险管理、关税、报关等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学院获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。公开出版《上海海关学院学报》。
学院综合素质教育、准军事化管理贯穿于人才培养的全过程，实行综合测评制度，重视学生的全面发展。近年来，学院以教学、科研、培训为中心，始终以提高人才培养质量作为根本任务，在加强学科专业建设、提高教学质量、实施以德育为核心的综合素质教育及培养学生实践能力和创新精神等方面不断深化改革，力求培养海关等国家机关与社会所需要的高素质专业人才。
学院位于上海市浦东新区，占地面积521亩。按照教育部普通高等学院设置标准，学院建有现代化的教学楼、图书馆和先进的ATM校园网，教室都具备多媒体授课的条件;并建有数码阅览室、视听室、文娱活动综合楼、网球场、游泳馆、体育馆等配套设施，为学生营造一个良好的学习和生活环境。
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