历史沿革滨州医学院的前身是始建于1946年的原国立山东大学医学院，1956年国立山东大学迁址济南，医学院部分留在青岛独立建制为青岛医学院。1970年10月，青岛医学院整体搬迁至山东省惠民地区行署驻地北镇办学；1974年11月，设立青岛医学院北镇分院（为省属本科高等院校）；1981年9月，改称北镇医学院；1983年3月，随驻地更名为滨州医学院。2002年9月滨州医学院烟台校区投入使用。
办学规模学校全日制在校生14000余人，其中本科生13000余人、硕士研究生171人，面向全国28个省（市、自治区）招生。
学科专业学校设有临床学院、基础学院、特教学院（医学二系）、口腔学院、护理学院、医学人文学院、中西医结合学院、药学院、卫生管理学院、成人教育学院等10个院（系）。设有临床医学、口腔医学、护理学、生物技术、中医学（中西医结合方向）、信息管理与信息系统、麻醉学、医学影像学、法学（医事法律方向）、统计学（卫生统计学方向）、英语（医学方向）、药学（临床药学方向）、应用心理学（临床心理学方向）、公共事业管理学、预防医学、劳动与社会保障等17个本科专业和方向，其中，口腔医学、临床医学、护理学专业为国家特色专业建设点。
学校设有人体解剖与组织胚胎学、内科学、口腔医学、免疫学、病理学与病理生理学、外科学、妇产科学、儿科学、眼科学、影像医学与核医学、皮肤病与性病学、中西医结合临床等12个硕士学位授权点。是临床医学（一级学科）硕士专业学位授权单位。
现有医学免疫学、口腔科学、临床营养支持中心（肝胆外科）、内科学、人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学等6个省级重点学科。病理学、组织学与胚胎学、儿科学等3门省级教学改革试点课程；组织学与胚胎学、病理学、生物化学、药理学、病理生理学、生理学、外科护理学等7门省级精品课程。
科学研究近五年来，学校共承担各类科研课题679项，其中国家级12项，省部级76项，厅局级99项；获省级科技进步奖5项，省软科学奖励10项，厅局级奖励98项；获省级教学成果奖10项，其中一等奖2项；出版专著、教材72部，发表论文2768篇，其中核心期刊1069篇。
主办中国医学统计类核心期刊《中国医院统计》和中国学术期刊综合评价数据库来源期刊《滨州医学院学报》，均向国内外公开发行。
师资队伍学校现有教职工976人，其中专任教师685人。有教授90人，副教授226人，博士、硕士学位人员358人；全国优秀教师4人，教育部高等学校骨干教师2人，山东省中青年学术骨干、学科带头人培养对象16人，山东省教学名师3人，山东省优秀教师3人，山东省师德标兵1人；有口腔颌面外科学、临床护理学等2个省级教学团队。
办学设施学校现有滨州、烟台两个校区，占地1560.6亩，总建筑面积50万平方米；固定资产总值10.5亿元，教学科研仪器设备总值1.5亿元；图书馆藏书223万册；有直属附属医院1所，非直属附属医院11所，教学医院、实践教学医院80余所；教学实习用床位11000余张。学校直属附属医院建筑面积12.7万平方米，资产总值7亿元，仪器设备总值2.1亿元，开放床位1500张，是鲁北地区医疗、教学、科研、保健、康复中心。
对外交流与合作学校先后与美国加州大学圣迭戈医学院、佛罗里达海湾海岸大学，韩国延世齿科大学、加图立医科大学、全北医科大学和齿科大学，新西兰奥塔古大学等高校建立了友好校际关系；与美国杜克大学、日本早稻田大学、英国皇家护理学院等高校建立了学术交流与合作关系，对外交流与合作频繁。
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