学院现有10个教学系部，2个二级学院，5个教学辅助部门。有直属附属医院2所，非直属附属医院5所，教学医院45所，实习医院9所，实习药厂13个，药用植物野外实习基地2个，药材加工及鉴定实习基地1个，药材种植基地1个，其他专业实习基地8个。中国医学史馆、中药标本馆、敦煌医学馆荣获国家教学成果二等奖，省级教学成果一等奖，并与人体标本馆被国家科技部、中宣部、教育部、中国科协确定为全国青少年科技教育基地。
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