大学院的正规课程有硕士(日本称修士)课程(修业年限2年)及博士课程(修业年限5年)。大部分的博士课程分为前期课程(2年，相当于硕士课程)及后期课程(3年)。
有些大学院的博士课程是5年一贯制，也有些只设有后期3年的课程而已。医科、牙科及兽医科的博士课程是先修完6年的学部课程才可进入大学院，修业年限4年。除了以上的正规课程，有些大学院设有研究生(中国称为研修生)、听讲生和科目履修士制度。
研究生是日本独特的制度。根据各大学不同而分成“学部研究生”和“大学院研究生”，但内容上可以认为基本相同。研究生基本上分为以下三类：
(1)并非志在取得学位，为了进行短期间的研究活动。
(2)大学间交流协定下，短期留学生。
(3)大学院硕士或博士课程入学前的准备期间的学生。
目前，大多数外国留学生是利用1年至2年的留学时间准备大学院正规课程的入学考试。不论正规课程或研究生，一般要求都必须要先找好指导教授，并取得入学许可的承诺。研究生有半年至2年的时间在指导教授门下学习专业知识，可充分、准确地准备硕士和博士课程的入学考试，又可学习专业日语，还是有不少有利之处的。但研究生毕竟不同于本科硕士和博士课程的“正规生”，会有诸如不可申请奖学金，不可入住大学院的学生宿舍等一些限制和不便之处。研究生制度不仅各大学间有所不同，而且各研究科担当教授所持的入学审查标准也可能各不相同。实际上，研究生能否被接纳入学其决定权在于研究室、专业小组等的担当教授的个人判断。就是说，成为研究生的可能性在于是否能够找到与自己研究专业相对应并愿意接纳自己为研究生的一位担当教授。另外，有些大学负责介绍担当教授，为自己顺利入学提供了方便。
日本的国公立大学和部分私立大学，一般都要求外国留学生经历研究生的过程，再入正规课程的学习。但也有些大学院对学生进行面试和考试后就直接录取为正规课程生，如东京“帝京大学”每年2次在北京等地由该大学事务部长和教授直接面试学生，凡各方面符合条件并经学校教授委员会审核同意的即可直接录取为攻读硕士或博士课程的正规生。这样不仅免去了研究生阶段的学习，而且节省了时间和留学费用，这是最佳的选择。
目前中国高自考、成人高等教育的学历(学历必经国家教育部承认)一般是被日本大学院接受的，但各大学的录取标准和掌握尺度不一样。详情请向所申请的大学院进行咨询。
对日语和英语的重视程度相同
虽然大部分研究科对申请人的日语能力并非要求达到一级水平，但入学后的课程绝大多数是用日语进行的，特别是文科的学习，必须能够阅读并理解许多专业书籍，所以需要与日语能力一级考试相同或更高的日语水平。目前有部分大学院规定，申请人必须提供“日本留学考试”的日语成绩(此考试每年举行两次，目前在我国尚未实施)，而推行此规定的大学院日趋增加。另外，理科学习中会有许多英文教科书，以及提交报告、论文时使用英语的情况也会有。有的大学院还要求申请人提供英语托福考试成绩。日本大学的许多教授都有欧美留学或研修的背景，英语水平较高，留学生用英语同教授交流的情况也屡见不鲜。但在日常及研究室中的交流仍然是以日语为主，所以还是具有较高的日语水平为好。但是在大学院当中，最受重视的并非日语水平的高低，而是在专业方面的实力和研究欲望，其次才是日语和英语的能力。大多数大学院对日语和英语的重视程度相同，需要格外注意。
准备入学考试的时间表
大学院的招生简章通常于入学年的前一年的6-8月向外公布。入学考试的时间因大学而异，大多数在8-10月进行，也有2-3月举行的。有的大学院每年只招收4月入学生，但也有大学院每年招收4月和10月两期入学生。因此在每年6-7月间则应该针对自己想要学习的专业和课题鉴别并筛选适当的大学。已在日本大学别科或语言学校学习的同学，在8月的暑假期间可为日后入学考试时须提交的研究计划书而着手收集、整理有关参考资料，并着手撰写。在9月份暑假结束后应去所希望的研究室找未来的指导老师面谈。但是，如果选定了比较中意的大学的研究科，可根据该学校的入学考试时间来安排自己的时间表。
考生准备要点
1、认识、确立自己希望研究的专业。要认真考虑自己所需要研究的专业与自己大学本科的学习科目、毕业论文、毕业设计、工作经验的相关性。虽然并非绝对不能改换专业，但进大学院必须具备与本科毕业水平相等的专业知识，除非能够拥有充分说服力的从事相关专业的工作经验和专业知识，否则改换专业基本上是不会被接受的。
2、寻找设有自己希望专业的大学。如希望进某所大学，首先要查询该校的硕士课程、博士课程、研究生制度、听讲生制度、科目履修生制度等是否设置，是否有专门为外国留学生开设的特别入学考试等。
3、选定研究室及指导教授。首先，要取得大学院的招生纲要，绝大多数的纲要中会比较详细的介绍研究科的课程内容、授课教员的专业等。
4、每所大学院的招生简章都会写明在申请大学时应提交的文件，一般来说需提交入学申请 书、毕业证书、成绩单、研究计划书等。每个大学院要求申请人提供的材料不尽相同。详情请向各大学院咨询。
在日本的大学院，入学后要更换研究室或指导教授是非常困难的，因此在向研究室 申请之前，务必三思而后行。
大部分大学对研究生来说，可以根据书面资料审查后准予入学，但也有一些大学则要求留学生必须去日本参加面试和考试后才能准予入学。特别是想考入日本国公立大学院的外国学生很多，而每个教授一般每年只招收2、3个研究生，因此入学竞争激烈。对于中国的私费留学生来说，若想在国内通过材料自己进行申请并获成功是比较难的。
