学校前身为仲恺农工学校，是第一次国共合作时期，近代民主革命著名的政治活动家何香凝先生等提议、国民党中央为纪念廖仲恺先生爱护农工的意愿而决定创办的。学校于1927年招生，何香凝先生首任校长15年。1984年，经教育部、农牧渔业部批准，学校升格为本科院校，定名“仲恺农业技术学院”，国家副主席王震同志题写校名。2008年3月，经教育部批准，更名“仲恺农业工程学院”。
为争取社会各界支持办学，促进学校发展，1987年4月，根据国家副主席王震同志提议，经中共广东省委同意，成立了学校董事会，王震任名誉董事长，广东省省长叶选平任董事长。1997年，广东省省长卢瑞华任第二届董事会董事长。2008年，广东省省长黄华华任第三届董事会董事长。董事会成员由国家领导人、省部级领导以及港澳知名人士担任。
学校的建设和发展备受各级领导和社会各界的高度重视与关心。党和国家领导人叶剑英、邓小平、杨尚昆、王震先后为校园内的廖仲恺何香凝纪念馆、廖仲恺铜像、何香凝汉白玉塑像和廖仲恺纪念碑题字。国家主席杨尚昆，全国人大常委会副委员长廖承志、何鲁丽、周铁农，全国政协副主席廖晖、霍英东、马万祺等多次亲临学校视察指导工作。广东省省委、省政府及省教育厅一贯关心、支持学校建设，有力地推动着学校健康快速发展。海内外各界人士深怀对廖仲恺、何香凝及其开创事业的崇敬和景仰，不断给予精神和物质上的大力支持，霍英东、马万祺、何厚铧、曾宪梓、何鸿燊、杨钊、刘宇新等一批港澳社会名流为学校捐款兴建实验楼、图书馆、体育馆、教学楼等，添置教学科研和医疗卫生设备，设立奖教奖学金，为学校办出特色、办出水平不遗余力。
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