1960年，湖南高校调整，学校保留校名，改为师专。1978年8月，学校升格为省属综合性大学，1979年开始招收本科生。2000年8月，吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校获得硕士学位授予权。2006年6月，湘西州人民医院成为吉首大学附属医院。2006年，顺利通过教育部本科教学工作水平评估，并被评为优秀。
学校风景优美、设施完备，总占地面积119万平方米，建筑面积52万平方米，教学科研仪器设备总值近1.4亿元，藏书总量200多万册，建有高水平的校园网。学校师资力量强、教学质量好，现有专任教师1200余人(博士、硕士学位的教师占教师总数的83%)，其中教授有160余人，副教授600余人，享受国务院政府特殊津贴专家15人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，全国劳动模范1人，全国优秀教师、全国模范教师9人，全国师德先进个人1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选3人，湖南省“****”人选1人，“湖南省新世纪121人才工程”人选9人，湖南省教学名师4人，省级学科带头人20余人，省级青年骨干教师近100人。
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