日本大学学费比欧美国家要便宜，日本公立大学学费更是相对低廉，虽然日本私立大学的学费要贵一些，但并不是很多。大多数私立大学一般专业就80万到100万之间。私立大学文科专攻60万左右日元，理科专攻100万左右日元，入学金20-30万(第一年)。学费一般减免30%，也有全免的。
但是日本私立大学学费要看专业，一般医科和理工学部比较贵。具体每个大学的大学院收费标准不一样，虽然一般在80万到100万日元之间，但比如庆应的经营管理专业200万日元一年，早大太平洋研究科的150万一年。
同时进入日本私立大学可以申请奖学金，进入前或者进入后都可以，进入大学院后申请的可能性大，获得比例一般都在50%以上。奖学金种类繁多。有的大学是提供餐补的。
据报道，日本文部科学省公布的调查数据显示，2010年度日本私立大学学生入学第一年所交纳的入学金及学费等费用平均为131万5666日元(约合11万人民币)，这是自1975年开始该项调查以来的最高数值。文部科学省称将要求各私立大学通过优化经营来抑制学杂费增长。
日本559所四年制的私立大学参与了本次调查。2010年度各私立大学学费平均为85万8265日元，较上一年度同比增加0.8%，入学金(仅入学第一年收取)平均为26万8924日元，同比增加1.2%，校舍建设费平均为18万8477日元，同比增长0.1%。上述平均费用合计为131万5666万日元，同比增加0.3%。
从专业类别来看，私立大学文科类专业学生入学第一年学杂费平均为115万5318日元，同比增加0.35%，理科类专业平均为150万1833日元，同比增加0.1%，医学类专业平均高达489万2648日元，同比增长1.8%。
此外，私立短期大学2010年度学杂费与上一年度一样，平均为113万1011日元，私立高等专科学校平均为65万7826日元，同比增加0.6%。
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