2009年的中央一号文件在放开土地承包经营权流转的同时对农民的权益保护提出了特别要求。文件指出要“尊重农民的土地流转主体地位，任何组织和个人不得强迫流转”，并且要求土地流转“不得改变土地用途，不得损害农民土地承包权益”。这些要求对农民来说是护身符，对于地方政府来说是一种对政治智慧的考验。
在土地流转的过程中最容易出现的问题之一就是农民的不配合。当前许多企业或业主在农村租赁土地都希望能够集中连片，便于实施机械化耕种，但大规模的土地流转常常因个别农户不同意而难以成功。造成这样的困难主要因素有：
第一，补偿制度不合理。一方面是补偿费用低。我国的西北地区有句谚语叫生意谈不成是因为价钱没有给够。补偿费用低和农村土地流转刚刚起步有很大关系。大规模的对粮食生产进行投资在我国可以说刚刚起步，并且粮食生产受气候影响非常大，很多投资者自己也没有经验，对预期的产出没有信心。在这样的条件下很难给农民收益提供良好的保障。针对这样的情况，给农民的收益保障可以将固定收益和弹性的收益结合起来。既给农民基本的收益保障，同时又将农民的收益和企业的利润挂钩。企业在生产过程中如果受到天气等不可抗力因素影响，政府应该像对待农民一样对企业进行救助，保障企业的权益。另一方面补偿制度的不合理还表现在对农民的补偿一刀切，缺乏灵活性。农村的地的产出有高低，农民的经营方式也各有不同。如果对亩产1000斤的地和1500斤的地采用同样的补偿标准，如果对种植花卉或和有蔬菜大棚的地采用同样的补偿标准，谁都不会答应。通过协商对特殊的情况进行灵活处理是解决好个别村民不配合方式的重要途径。
第二，农民缺少安全感。土地转让之后主动权掌握在了投资者的手里，农民自己没有了“退路”。这也是为什么很多人已经在城市买房甚至扎根也不愿意放弃农村的土地的原因。要解决好这个问题，一方面要做好农民的思想工作，同时要引导农民就业，另一方面要对土地转包的年限进行限制，最重要的是要大力完善农村的社会保障体系。农民缺少安全感的另一个原因是一些地方擅自改变土地的用途，将土地用来开矿、建厂甚至用于房地产开发，成为建设用地。这种流转被称作“黑色流转”，经过了这样流转之后，要么是土地回到农民手中时已经成为不能耕作的土地，要么使农民永久的地失去土地。对这样的情况一定要严格执行中央一号文件，通过立法对于“黑色流转”采取最严厉的制裁措施。
此外，一些农民不愿意转让是因为他自己要耕作。对于这样的情况我们可以和农民耐心的地协商，可以通过更换土地的位置并，适当的补偿等形式来换取农民的理解和支持。
在这项改革中，我们会遇到的困难还远远不止这些，不管这些困难是什么样的困难，它们都与收益的保障和收益的增加息息相关。只要我们不停的不断地完善农村的社会保障制度，不停不断提高土地的产出，协调好收益分配的同时保证农民的在土地的产出中收益受益，这个政策就一定会得到广大农民群众的拥护和支持，最终促成农村发展、农民富裕、投资者收益受益的多赢局面。
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