2004年5月国家教育部批准在三校合并的基础上筹建蚌埠学院。学院严格按照国家教育部关于"加大投资力度，加快校园规划和建设，加强学科专业建设和师资队伍建设，努力实现三所院校的实质性融合，不断改善办学条件，着力增强学校的科研能力、提高学术水平，争取尽快达到国家规定的有关本科学校的设置标准"的要求，认真落实国家教育部专家组、省教育厅专家组的指导意见，全面贯彻"以筹促建、重在建设"的指导思想，充分调动师生员工的主动性和创造性，大力推进新校区建设、教师队伍建设、学科专业建设和基础设施建设，努力提高教育教学质量和科研水平，各项工作都取得积极进展。2006年12月国家教育部全国高等学校设置评议委员会专家组对学院筹建工作进行了实地考察、全面评估。2007年1月29日，全国高等学校设置评议委员会五届一次会议全票通过了蚌埠学院正式建校。
蚌埠学院占地80公顷，其中新校区65公顷，坐落于蚌埠大学园区内，东靠建设中的京沪高铁蚌埠站，南倚芦山，西临龙子湖，北接安徽财经大学和蚌埠医学院，依山傍水，风景秀丽。按照本科院校标准，网络化、信息化、智能化、生态性要求和1万名全日制在校生规模一次规划、分期建设。蚌埠学院新校区已建校舍20万平方米，在建校舍近3万平方米，现有实验室17个大类、97个分室，教学仪器设备总值达到4000多万元;多媒体教室和语音实验室座位达到3000座;馆藏纸质图书56万册，电子图书25万册，共计完成投资4亿元。学院现有专任教师477名，2007年度省级教学名师(本科部分)1人，副高以上教师150名，博士、硕士学位教师199名，另有在读硕士、博士121人，非教师系列高级职称近30人。学院设有淮河文化研究中心、复杂系统研究所、生物技术研究所、写作研究所、金工实习工厂、食品加工实习工厂等机构。
教学与科研是高校发展与培养人才的两大基本功能，学院积极发挥学科交叉的综合优势，加强实验教学和实践教学，注重教学与科研的结合。近几年,学院共承担省级科研项目53项，与有关企业签定在研项目19项，发表论文约600篇，发明专利3项，省级本科精品课程1门，合作共建省级本科精品课程6门，省级专科精品课程3门，获各类奖项90项。蚌埠学院一直积极开展对外合作，利用国际教育资源，先后有日本、德国、法国、美国、韩国等国外籍教师多人来蚌埠学院访问、讲学或短期工作。利用日本政府低息贷款11亿日元，进行有关实验室建设和人员培训。
蚌埠学院是一所充满生机与活力的学校，目前学院正在深化内部管理体制改革和教学改革，进一步优化学科专业结构，合理配置教学资源，力争在学科专业结构、教师队伍建设、科学研究方面取得新的突破，提升学院总体办学实力和办学水平。