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药学院下设“两系一中心”，即药学系、中药学系及药学实验中心，全面负责本科教学工作。药学系下设药理学教研室、药物化学教研室、药剂学教研室、药物分析学教研室、药事管理学教研室、生物制药学教研室、药物毒理学教研室。中药学系下设中药药理学教研室、中药制剂学教研室、天然药物化学教研室、中药分析学教研室、中药学教研室和生药学教研室。在科研平台方面，药学院设有中药及天然药物研究所、新药研究所、基因组药物研究所、中药生物技术研究所和暨南大学-香港科技大学“神经科学和创新药物研究联合实验室”五个研究机构,及创新药物研发公共平台和中药药效物质基础及创新药物研究广东省高校重点实验室。
药学院拥有一支年富力强、求实创新的教学科研队伍。其中中国工程院院士1人，国家杰出青年基金获得者及长江学者特聘教授1人，国家“****”专家1人，新世纪百千万人才工程国家级人选2人，教育部新世纪人才3人，高级职称教师46人。具有博士学位和硕士学位的教师达100％；70%的教师和科研人员具有海（境）外留学或研究工作经历。
药学院坚持“面向海外，面向港澳台”的办学方针，结合药学和中药学学科专业特色，积极适应国家药学事业发展需要和港澳台等地区对应用型药学人才的需求，积极探究具有侨校特色的本科教育模式，根据学校制订的内招生“加强基础、目标上移”和外招生“面向世界、应用为主”的分流教学要求，一方面努力为海外和港澳台地区培养能为居住地医药卫生事业发展服务的高素质药学应用人才，另一方面为国内药学事业培养具有较高专业技能和综合素质的高层次药学专业人才。
十年来，在学校和有关政府部门的关心和大力支持下，经全院师生的共同努力，药学院的学科建设获得了快速发展。药学院已进入暨南大学创新药物研究“985优势学科创新平台”，并已初步建成功能齐全、设备良好、管理规范的创新药物研究平台和现代化的药学教学实验中心。目前，我院承担着国家973和863计划、国家新药创制重大专项、国家“十一五”和“十二五”科技支撑计划、国家杰出青年科学基金项目、NSFC-广东省政府联合基金重点项目、教育部创新团队项目、国家自然科学基金面上和青年基金项目、教育部重点科技项目、广东省自然科学基金团队项目、广东省自然科学基金重点或面上项目、广东省科技计划重点项目、广州市重大科技计划项目等研究课题。已研究和开发出新药多项，其中Ⅰ类新药2项、新五类新药1项。“十一五”期间，药学院共获各类科研项目72项，其中纵向经费6798万元，横向经费1530万元，科研经费累计达8328万元。已发表SCI收录学术论文360余篇；申请国内外发明专利54项，其中授权36项；获省部级以上科技成果奖励8项，其中二等奖3项、三等奖5项；现有在研新药共15项；出版学术专着50余部。
药学院高度重视本科和研究生的教学工作，积极开展教学改革，学院教师承担了国务院侨办的教改项目2项、省级教改项目2项、校级教改项目23项，发表教学改革相关论文50余篇。药理学获批广东省精品课程，药物化学、药剂学、天然药物化学等课程为校级精品课程。2010年药学专业获批广东省高等学校特色专业建设点。药学院已建成多个本科教学的院外实习基地，包括广东省药品检验所、广州市药品检验所、中山国家健康科技产业基地、暨南大学第一附属医院等单位。
学院还十分重视利用雄厚的科研条件为本科教学服务。以培养本科生创新思维和实践能力、拓展学生的专业知识和视野为主线，鼓励教师及时将科研成果转化为优质教学资源，鼓励学生参加各种课外科技创新活动。近年来，药学院学生先后代表学校参加了四届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛和两届“挑战杯”中国大学生课外学术科技作品竞赛，获得全国金奖1项、银奖2项、铜奖1项；广东省金奖2项、银奖或课外作品二等奖共5项。
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