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80年代中后期，学校又在基础课部设立了外语中心、电教室、中心实验室和计算机教研室。随着学校改革和发展的需要，1993年语言中心和外语教研室从基础课部分出成立外语系。1994年后，中心实验室、电教中心先后从基础课部分出成为学校直属单位。1999年初，计算机教研室从基础课部分出成立计算机信息科学系（筹）。同年12月，基础课部更名为理学系。
2001年8月，理学系与计算机信息科学系（筹）合并组建理学院，负责承担全校各专业的数学类、物理学类、化学类、计算机类、植物学类、体育类的基础课和公共课教学工作。2002年，植物学教研室划转到生命科技学院，体育教研室从理学院分出成立直属学校领导的体育课部。
学院现有化学系、数学与信息科学系、计算机科学系、应用物理系四个系，物理实验教学中心、化学实验教学中心、计算机基础实验教学中心、数学与信息科学实验教学中心和计算机科学与技术实验教学中心5个实验教学中心和1个理化分析中心。有化学生物学、统计、计算机应用、应用物理、应用数学等五个校级研究所。
学院现设有应用化学、计算机科学与技术、信息与计算科学三个本科专业，农药学和应用化学两个硕士点。应用化学本科专业为湖北省品牌建设专业。应用化学为校级重点学科。有机化学课程为国家精品课程。学院有全日制在校学生1433人，其中本科生1326人，研究生107人。
学院坚持人才强院战略，不断优化师资队伍结构。学院现有教职工179人，专任教师146人，博士生导师2人，硕士生导师21人，专任教师中教授15人，副教授42人，博士学位教师47人，在读博士44人；教师中有教育部新世纪人才计划1人，湖北省教学名师1人，湖北省政府特殊津贴专家1人，武汉市学科带头人1人，武汉市晨光计划人才3人。
学院始终坚持教学立院，不断深化教学改革，全面提升人才培养质量。“十一五”期间，学院共承担国家级教改项目2项、省级教改项目14项，国家大学生创新实验计划7项；建设国家精品课程1门，省级级精品课程4门；主编国家规划教材8部；建设省级实验示范中心1个；在全国大学生数学建模竞赛中获得国家一等奖4项，二等奖10项，省一等奖15项，二等奖20项；在“博创杯”全国大学生嵌入式竞赛中获得二等奖1项；在大学生数学竞赛中获得湖北省二等奖2项，三等奖2项；获得湖北省大学生科技成果一等奖1项，二等奖1项；获得省级大学生化学实验技能竞赛一等奖1项、二等奖6项、三等奖3项，获得全国软件专业人才设计与开发大赛省级一等奖1项，二等奖2项，三等奖5项。
学院坚持科研兴院战略，大力开展科学研究。“十一五”期间，学院主持国家自然科学基金12项，参与“863”计划重点项目1项、国家转基因重大专项子项目1项、国际科技合作重点项目1项、国家社科基金1项，主持湖北省自然科学基金16项，武汉市学科带头人计划项目1项，武汉市晨光计划3项，横向合作项目6项，到账经费825.95万元；学院高质量论文与“十五”相比获得重大突破，发表SCI论文138篇；申报专利9项，获批3项；通过鉴定成果2项。
学院不断加强校园文化建设，提高学生综合素质。学院不断加强学风建设，提升校园文化品位，优化育人环境，关注特殊群体学生，彰显教育公平，认真抓好大学生职业生涯规划，广辟渠道推荐学生就业。“十一五”期间，本科生一次性就业率年均90%以上，研究生就业率达100％，为全国IT、化工、信息等行业输送了大量优秀人才。
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