伯尔尼大学创建历史可以追溯到十六世纪早期建立的神学院，当时建校的目的是为宗教改革培养清教徒牧师。学校在建校时拥有3位教授，到十七世纪末拥有6位教授。到十八世纪学校在人文和神学领域一直处于统治地位。在启蒙运动开始之初，建立起了法学和数学教育。1805年伯尔尼政府改革整个高等教育体系，学校从原先的神学院扩展为拥有四个系的大学院，至此学校不仅培养牧师同时为社会输送律师和医师(包括内科学和兽医学)，其中哲学系(包括人文和自然科学)为其他三个系提供基础教育。
伯尔尼大学下辖神学院，法学院，经济与社会科学学院，医学院，Vetsuisse动物学院，人文学院，人类科学学院，科学学院等八个学院。
伯尔尼大学提供本科、硕士和博士层次的高等教育，该校开设的专业丰富多彩，比如神学，工商管理学，法律，政治科学，社会学，医学，艺术史，戏剧，考古学，东方文化研究，哲学，牙科学，宗教研究，地理学，物理学，生物学，化学与分子科学，统计学，体育等等。
本科专业
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院系
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专业
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神学、宗教研究
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古天主教神学
新教神学
宗教学
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法律、犯罪学、刑事学
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法律
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经济学、工商管理和政治学
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工商管理
政治经济学
政治学
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社会科学、社会工作
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教育学
人种学
地理学/人类地理学
心理学
宗教学
社会人类学
社会学
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语言、文学研究、通讯学、信息学
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古典语言学
英语研究
法语研究
德语研究/德语文学/语言学
意大利研究
语言学
东方文化研究
斯拉夫语研究
西班牙语研究
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历史、考古学
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考古学
艺术史
历史
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人文学科、艺术研究
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艺术史
音乐研究
哲学
剧场研究/舞蹈研究
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科学、数学
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生物化学(分子生物学)
化学(和分子科学)
地球科学
地理学/人类地理学
数学
物理学（/天文学）
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计算机科学和电信学
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计算机科学
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体育和人类运动科学
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体育和体育科学
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教师资格
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教育学
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硕士课程
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院系
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专业
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神学、宗教研究
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伊斯兰/阿拉伯学(文学)
古天主教神学
新教神学
宗教学
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法律、犯罪学、刑事学
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法律
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经济学、工商管理和政治学
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工商管理
政治经济学
政治学
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医学、制药学、健康学
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生物医学工程
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社会科学、社会工作
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跨国人类学
教育学
人种学
地理学/人类地理学
心理学
宗教学
社会人类学
社会学
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语言、文学研究、通讯学、信息学
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中亚文化科学
古典语言学
英语研究
法语研究
普通（和比较）文学
德语研究/德语文学/语言学
伊斯兰/阿拉伯学 (文学)
意大利研究
语言学
中亚研究
斯拉夫语研究
西班牙语研究
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历史、考古学
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考古学
艺术史
欧洲考古学
历史
科学历史和理论
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人文学科、艺术研究
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艺术史
伊斯兰/阿拉伯研究(和东方文学)
音乐研究
哲学
政治和经济哲学
剧场研究/舞蹈研究
科学历史和理论
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科学、数学
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大气或气候科学
生物学
生物医学工程
化学(和分子科学)
地球科学
生态学（和进化论）
地理学/人类地理学
数学
分子寿命科学
物理学（/天文学）
统计学
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计算机科学和电信学
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计算机科学
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工程、建筑
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生物医学工程
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体育和人类运动科学
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体育和体育科学
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教师资格
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教育学
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