预计未来对训练有素的生物医学工程师的需求会有增长。由于人们的寿命变得更长，在持续迅速增长的健康保健行业，生物医学工程师的前景会更好。美国劳工署预计，到2010年，生物医学工程师的就业增长将高于平均值。在修复术、人造体内器官、计算机工具、仪器和其他医疗系统方面可能会出现新工作机会。另外，为了培养填补这些职位的生物医学工程师，会存在对教授的需求。
毕业生可在生物医药、生物化工、轻工、食品、能源、环保等行业的高新技术企业从事相关产品、工艺及装备的研究、开发、设计、管理及市场营销等工作。也可在环保、商检、药检、海关、工商、税务和政府管理部门从事相关的监督管理工作，或在高等院校、科研院所从事教学和科研工作。