日本普通高中的课程由各种学科和课外教育活动构成，道德教育通过整个学校教育活动进行。
全部高中生的共同必修的学科是国语Ⅰ、现代社会、数学Ⅱ、理科Ⅰ、保健、体育、音乐Ⅰ、美术Ⅰ、书法Ⅰ、工艺Ⅰ、家政概论等。
选修学科中包括国语、外语、社会、艺术、家政、数学、体育、农业、工业、商业、水产、护理等。 对于赴日本高中留学的留学生来说，为了迅速提高中国留学生的日语水平，尽快让留学生进入日本班级和日本同学一起上课，合作校日本高中配备了数名日语教师，为新同学专门成立了日语强化班。
同学们刚到日本高中时，体育课、美术课和音乐课同日本班同学一起上，其余时间全面补习日语。同学们经过强化补习，日语水平提高非常快，在一个学期内都能顺利进入班级与日本同学一起学习。
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