奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心，由于是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名，此外，奥塔哥大学也是南岛唯一设有药学、理疗、医学实验等科系的学校。这所医学院至今依旧闻名，其入学的要求与一般大学相同，第一年所有学生都要学习必修科目，然后依成绩决定往后的专业科系。
学校其他非医学科系，如生理、解剖等也是世界有名的，新兴科系如生化、基因工程，或者是基础科学如物理、化学、数学等也都有开课，另外还有商学和法学等科目。尤其是商学院，和奥克兰大学的商学院一样闻名于新西兰，每年都有百多位国际留学生，来此地取得奥塔哥大学MBA的学位。
大学预科
奥塔哥大学大学预科由澳大利亚名校新南威尔士大学与奥塔哥大学于1997年创立，授课地点在奥塔哥大学(达尼丁)和奥克兰商学院(奥克兰)。因此也可以说，奥塔哥大学大学预科就是新南威尔士大学在新西兰的大学预科。大学预科为海外学生提供了进入奥塔哥大学及新南威尔士大学的机会，也为未来的大学教育打下坚实的基础。这个课程为所有新西兰和澳大利亚大学和部分美国和英国大学认可并被认可等同于大学人学资格。
语言中心
新西兰奥塔哥大学语言中心为攻读大学课程或者大学预科课程的学生提供强化英语和学习技巧的预科课程。语言中心是托福和雅思考试注册中心，课程为考试提供专门准备课程。