生物医学招收本专业研究生的院校众多，既有北京大学、清华大学、浙江大学、上海交通大学等一流名校，又在北京工业大学、大连理工大学、南京航空航天大学、武汉理工大学等工科学校占有一席之地。同时因为与医学的高度结合，该专业也成为医学院的热门专业。作为朝阳专业，又是研究生报考热门，很多院校在招收学术型研究生的同时，也有部分旨在增强学生的实践能力的专业学位名额。
这所有着110年校史的“建筑老八校”，工科专业自然是强势。生物医学工程专业在生物科学与医学工程学院和学习科学研究中心均有招生，是名副其实的王牌专业。招生人数众多，2012年两个院系共招收80名研究生，统考生有58个名额。该校的生物医学工程专业方向众多，从生物信息技术、医学图像与医学电子学、生物医学材料与器件到脑与教育、情感神经科学、情感信息处理与传感技术等20个方向。
位于巴蜀圣地的百年名校四川大学，每年都是考研人聚集地。生物医学工程专业在四川大学有着广阔的发展空间，也是众多院系力推的热门。材料科学与工程学院、电气信息学院、建筑与环境学院、高分子科学与工程学院、生物材料工程研究中心、分析测试中心都有招生。该专业的竞争相当激烈，值得注意的是不同的学院招生考试科目有所不同，复试内容也会根据方向不同而相差甚远。川大的该专业设有生物材料及人工器官方向，在现代医学迅猛发展的大趋势下，这个领域有着大量的人才缺口。而且依托华西医学中心的资源优势，学生享有更强的硬件条件和就业空间。
清华的工科，在国内是实实在在的殿堂级别。同时因为top2的大学名号，国家每年在实验室和师资建设上也大量投资，学生也有更多出国交流访学的机会。作为新兴专业，清华大学的生物医学工程专业发展迅猛。该专业在医学院招生，有生物医学信息检测与处理、生物医学仪器与系统、医学成像与医学图像处理、生理系统建模与仿真、生物芯片与医学系统生物学、生物医学检测与科学仪器6个方向。清华大学医学院成立较晚，发展态势迅猛，且学校投入了大量资金，构建起一流的科研条件。医学院招收的直博生较多，同时鼓励硕博连读。
浙江大学生物医学工程与仪器科学学院是国内该专业人才的大本营，在国内率先创立该专业，生物医学工程为国家重点学科。同时因为浙江大学位于杭州，学生就业辐射整个长三角地区。该地经济发展快，聚集众多名企，生物科技企业更是不占少数，所以毕业生就业前景看好，大多供职于微软公司、飞利浦、西门子、东芝、华为公司、百度、宝洁、阿里巴巴、强生等知名企业或省市级三甲医院。据统计，2012年，该专业学术型学位报考176人，录取20人，最高418分，最低350分，平均分达到380分之高。专业学位报考5人，录取7人，接受学术型调剂。
5.西安交通大学
位于历史名城西安的西安交通大学，由于地理位置的原因，与东部沿海城市的报考热度有所差距。也正因此，给甘于寂寞、志在科研的学生更多的求学机会。西安交通大学的生物医学工程专业为教育部重点学科，拥有国家级专业实验室。该专业在生命科学学院和前沿科学技术研究院均有所招生，其科研水平位于全国前列。其干细胞与器官再生、药物控制和靶向释放、肿瘤靶向治疗与药物递送等方向与医学联系密切，特别适合药学、基础医学相关专业毕业生报考。初试时有信号与系统(含数字信号处理)、普通物理学、生物化学、微机原理与应用四个科目任选其一，所以物理、生物、化学、计算机、电子信息工程等专业的学生都可以报考。
除此之外，招收生物医学工程专业的学校名目众多，各类学校都有其不同的优势，而在招生时也有两个代码，077600侧重于医学方向，083100是工科方向，当下的学科排名主要依据工科方向。很多医学院校的生物医学工程专业发展迅速，向医学倾斜，工学与医学高度交叉，如北京协和医学院、南方医科大学、中国医科大学、首都医科大学、第二军医大学等。综合性大学中，中南大学、同济大学、中山大学、华中科技大学等也各具优势。
