日本国政府(文部科学省)留学生奖学金，俗称日本国费奖学金。它是日本的奖学金中待遇最高的一类。有二种申请途径，一种是去日本之前，向日本驻华大使馆申请。先申请奖学金资格，然后再去申请学校，和欧美院校的申请程序是相反的。另一种是去日本之后，通过日本的大学申请。即要日本的大学在籍学生方可申请。因此，留学日本之前要申请日本国费奖学金只有通过大使馆申请，日本把此叫做“在外大使馆推荐”国费奖学金。在日本大学申请的叫做“大学推荐”国费奖学金。
国家留学基金委，简称留学基金委。每年11月份在网站发布第二年的奖学金申请通知。一般是今年末出通知申请下一年度的奖学金。2月份到3月份接受申请材料。除了日本，还有美国、加拿大、法国、德国、南欧、北欧、东欧、亚非拉等国的奖学金申请。当然大部分都是博士奖学金。东南亚国家和非洲的奖学金有本科生应届生可以申请的
大使馆推荐国费奖学金，在中国国内，是日本政府文部科学省(教育部)和中国教育部合作交流的项目。由日本驻华大使馆委托中国教育部直属的国家留学基金管理委员会进行招募。每年有110个名额，赴日身份是博士生。申请资格是所有国内大学的硕士应届生和有硕士学位的社会人士，35岁以下。作为中国政府公派留学的身份出国留学，又作为日本政府奖学金资格领取奖学金。学费全免，由日本政府负担，并且每月领取国费奖学金。
日本国费奖学金针对985大学和211大学基本都和国家留学基金委签订了合作协议，因此每年都有去各个国家的奖学金名额分配到各大学。大学设有专门的审查部门。第一轮刷选淘汰一部分。通过后送到国家留学基金委、驻华使馆进行第二轮审查。
