1、日本的国立大学总共有97所，除去专业性的大学，绝大多数地方(县)只有一所国立大学，如果是挑选某个地区，在大多数情况下实际上意味着只能申请一所大学。另外，有些大学招收研究生有严格的限制，如只接受公费留学生，或与之有学术交流协定、学生交换协定大学的学生等。
2、绝大多数日本大学研究生的录取采取指导教授决定制。教授接受申请者的最基本前提是其所研究的专业课题必须与教授一致。不论在哪个国家，研究同一课题的导师都是有限的，在同一所大学里研究同一课题的导师就更少了。另外，即使成功地对上了导师的研究课题，但导师接受的研究生是有限的，一般只带一、两个人，名额已满的情况很多，导师出国讲学不便接受研究生的情况也不少。这些因素就决定了导师联系的方式——这个不行联系另一个，也就是说只能是以专业课题来联系导师，从而确定学校，确定地区，而不是相反，更不是以其他因素来确定，否则申请渺茫。
3、不少大学对申请者的资格有一些特别的要求，如有的大学要求必须提供日本留学考试成绩，由于该考试不在中国举行，国内的学生无法申请有此类要求的学校;有的要求提供日语能力考试成绩或托福成绩，没有这方面成绩的申请者无法申请有此要求的学校;有的专业要求必须在大学期间学习过该专业，如果没有这些资格而非选择某个地区、某个学校，那是不可能申请成功的。
4、教授是否接受申请者的因素主要有：①申请者的基本条件例如学历、语言水平;②基础学力即知识水平和研究能力;③培养潜力。后两项主要是通过成绩表、研究业绩、论文、作品以及研究课题的确定、研究计划书的写作来判定。除次之外，还要看毕业学校的档次，一般情况下，毕业学校档次应与所申请的学校的档次相当，如果差的太多将会影响申请。
5、更重要的是要对自己的实力进行自我评价，对自己的留学目的进行清楚的把握。如果仅仅是想体验一下日本的大学院生活，怀着可能的话拿一个学位这样的想法，而志不在做学问，也自感没有多大能力做学问做研究，那最好是申请适合自己实际情况的学校，否则即使申请成功，赴日后将会增加自己的负担，甚至连自己起码的目标都达不到。因为越是一流的大学，对学生的要求就越高。如果你没有水平，首先影响到导师对你的看法，你可能不能从研究生考入大学院;其次，即使侥幸考上，你的日子也不好过，你可能跟不上课程，做不了实验，写不出研究报告、毕业论文，进而影响到日常生活。
总之，申请者和大学之间都是双向选择，申请者选择学校，学校也选择学生，最终是否录取关键在导师、在学校的规定、在自身的条件，而不是一相情愿。选择理想的学校的心情是可以理解的，但必须遵循赴日读研申请的规律，牢记自己是去做研究的，应以专业课题为基准，以自身条件为基础，确定导师、确定学校、确定地区。另外，大学院毕业后，可以自由地选择就职地区，就职的地方才是比较固定的居住地，因此，还是以课题确定学校，就职时再选择地区，这样才能实现自己赴日读研的梦想，才能在赴日后顺利达到自己的目标。
