留学澳洲有很多五星和四星类的大学开设环境工程硕士，但每个学校的课程设置不太相同，但基本上来说都是两年制课程设置，并且一般来说课程中会有半年的Project或是Thesis要完成。并且在课程设置上一般都会有三门或三门以上的环境工程管理类课程。
皇家墨尔本大学环境科学方向有2个硕士提供，Master of Engineering (Sustainable Energy)可持续能源工程硕士1.5年制课程，Master of Environmental Science and Technology 环境科学与技术 2年制课程。
悉尼科技大学环境科学方向仅有一个硕士提供，Master of Environmental Engineering Management 1.5学制课程。
卧龙岗大学 Master of Environmental Science Advanced 2年课程设置，专业性较强，第四个学期有一个24学分的Thesis要完成。
新南威尔士大学 Master of Engineering， 该专业向下有很多方向可以选择，环境工程是其中一个方向，另外还有水资源和水及废水物处理工程方向。该学制是2年，完成该学位也需要完成一个和专业相关的24个学分的研究性Project.
西澳大学 Master of Professional Engineering，2年制以上课程，该学位也是为数不多的受到澳大利亚工程师协会认证的环境工程专业，课程设置比较丰富，涵盖工程技术和管理，另外该两年制课程中，有两个Project要学生分别在第三学期和第四学期完成。
悉尼大学Master of Professional Engineering (Environmental Fluids)环境流体工程，三年制课程设置，位数不多受到澳大利亚工程师社会认证专业，该专业课程包含了水资源管理，风力工程设计，海岸工程和高级计算机流体动态设计。
墨尔本大学 Master of Engineering (Environmental)，2年制课程设置，也是澳洲唯一一个受到澳大利亚工程师协会和澳洲工程教育专业协会双认证的环境工程专业。课程内最后一个学期包含一个设计项目和一个研究性课题要完成。需要注意的是，该课程可以对非工程专业的背景学生开放，但仅限于理学士和商学士。
