学院的学制分为两部分，即所谓的中年级和高年级。中、高年级的区分，依所修科目级数的不同而有所区别。以器乐为例，大提琴、小提琴、钢琴有十个年级，其他器乐为八个年级。修十级的，七、八年级为中年级，九、十级为高年级;修八级的，五、六年级为中年级，九十年级为高年级。中年级毕业可以获得演奏家文凭，高年级毕业可以获得高级教授文凭(相当我国的硕士学位)。
要想获得高级教授文凭，除主课外，还必需学习以下必修课目：视唱练耳、合唱、和声学、室内乐、即兴伴奏、艺术史、美学、音乐史、曲式学、音响学、实习教授法、教学法等课目。而演奏家文凭，除主课外，只要学完视唱练耳、合唱、和声学、室内乐、音乐史、艺术史、美学、即兴伴奏就可以了。
作曲与指挥专业，除了必修上述课目外，还要学习高级和声学、对位法、赋格曲写作、理论作曲、指挥等课目，钢琴必须学至毕业。
除了以上的两种文凭，校方还设立了单科文凭，如和声学教授文凭、室内乐教授文凭、即兴伴奏文凭、=赋格曲教授文凭等。对这些文凭获得都有严格的要求。
值得一提的是，马德里皇家音乐学院早在70多年前，就有以吉他为主修的课目了。现吉他系已经成为改院的中坚科系之一，并以吉他教学的权威性闻名于世界，世界上很多音乐学院吉他系的主任或教授，大多毕业于该院。