对申请澳大利亚留学移民有较大影响的几种最常见疾病是肺结核、乙型肝炎和艾滋病。
所有永久居民签证以及大部份临时性移民签证的申请人，如果16岁以上，均需进行X光检查，以确定是否患有肺结核。如果X光显示有肺结核者（结论为：有钙化点或钙化结节）需作进一步审查，以确定其是否为活性以及是否得到妥善治疗，这一过程的通常做法是将体检结果送回澳洲总部进行集体会审，会审的结果有三种：
1.经进一步检查确定为活性或者未经妥善治疗者，必须进行全面的治疗。
2.对经过诊断确定为非活性或者经过妥善治疗者，在申请人签署定期进行检查的保证书后，移民局一般会予以放行。这一过程需要1个月的时间。
3.被确认已完全痊愈。这一过程需要1个月的时间。
由于中国大陆被澳洲划为“肺结核”高发地区，所以所有X-Ray结论有钙化点或钙化结节的申请人的体检报告将被送到澳洲总部会审，所以申请人不必为此担心。
对经诊断为乙型肝炎带菌者，澳大利亚移民局一般也不会拒绝其申请，而是参照肺结核病的做法，在申请人签署定期进行的保证书后予以放行。
艾滋病检查一般是通过抽血化验进行的，留学一般不进行抽血化验HIV。
所有16岁以上的永久居民申请人必须做血液检查，以确定是否为艾滋病患者。16岁以下的收养子女或有输血历史者亦需进行体检。
审理程序体检一般会在澳大利亚移民申请人所在国进行，并由移民局指定的医院负责检查。对大多数申请人而言，体检费时费钱，而且会对申请人及其家庭带来诸多不便。因此，移民局一般会在确认申请人首先符合其他的法律标准后，才要求体检。但在某些情况下，尤其是在境内递交的申请，申请人也可以在递交申请前体检。除非收到体检结果，移民官不可批准签证申请。在有些情况下，尽管申请人的身体状况不会对他人的健康和安全造成威胁，但如果治疗该疾病会对社区带来重大的经济负担或影响到澳洲人使用有关的医疗设备，则有关的移民申请仍然可能被拒绝。