1886 年，明治政府为适应国家需要，培养具有国家主义思想的人，颁布了“帝国大学令”，东京大学改名为帝国大学，采用分科大学制，原来工务省管辖的工科大学，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科大学，相继成为帝国大学的工科大学和农科大学，以前原有的几个学部分别改为法政大学、医科大学、文科大学、理科大学;并开始设置研究生院。成为一所名符其实的大学。
1887 年制定了“学位令”后，增设博士和大博士学衔。其间，各帝国大学纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国大学的名称前面添上“东京”二字，更深一层含义是使其成为各大学的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科大学制又改为学部制，法学部增设商学系， 10 年后该系扩充而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝国大学各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生，毕业生中包括了不少国家领导级的人物。二次大战后，清除了军国主义教育的一套做法，调整了机构和不合理的制度，并去掉了“东京帝国大学”中的“帝国”二字，重新恢复了最早东京大学的校名。改制后的东京大学又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、第一高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京大学已成为具有 10 大学部， 11 个研究生院， 12 个研究所，数万师生员工的综合大学。 1986 年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选 10 所世界着名大学时，东京大学作为亚洲唯一代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。