日本大学院开设硕士课程、博士课程。日本读研需要2年左右，因为硕士课程通常为2年，学生取得专业科目所规定的学分并完成全部硕士课程，通过论文审查和考试后可获得硕士学位。
博士课程通常为3年(也有把硕士课程与博士课程综合安排的5年一贯制的博士课程，前两年为博士前期课程，后3年为博士后期课程)，学生完成规定学分和博士课程，通过博士论文审查和考试可获得博士学位。齿学、医学、兽医学的博士课程一般为4年。
申请到日本大学院攻读硕士、博士者，一般需接受该大学院举行的入学考试，考试合格者准予入学。少数学校仅审查学生的有关材料，即可判断学生是否合格。大学院的入学考试，通常有审查材料、小论文、专修科目、基础科目笔试和口试，同时还进行日语英语或其他外语的测试。
对大学院中不以攻读学位为目的的外国进修生、旁听生，多数学校仅对他们的有关材料进行审查，不要求其参加入学考试。
进入大学院以攻读学位为目的的外国留学生，很多人在最初的半年到一年的时间里，用以准备应付进入大学院正规课程(即学位课程)的入学考试。
大学院的学费基本与大学相当。大学院一般设在大学内，与其他发达国家相比，规模不大。大学院虽与学部(学院)并存于大学，但有其自己的独立性。目前很多大学的大学院正在进行改革，以扩大招生，培养适应社会发展所需要的具有科研和实际工作能力的多面人才。
