香港科技大学的地标──位于广场正中央的日晷香港科技大学是因为1980年代经济结构转变而起。由于香港已经进入经济转接期,香港政府预计香港经济会转型为以高科技与商业为主,而工商业要求有更多大学生配合,所以当时香港政府就决定兴建第三间大学,以配合这个需要。1984年,中英联合声明被签署,确认英国将于1997年将香港主权移交予中华人民共和国,而当时的英军便分批撤走,部份军营也因此而空置。1986年,香港政府选址新界清水湾半岛北部大埔仔的前高希马军营(Kohima Camp)兴建香港科技大学,动工之前香港童军总会更特意在该处举办一个大型露营「香港钻禧大露营」。
1988年,当香港科技大学尚在兴建中,吴家玮被委任为第一任校长。由于兴建期间,香港通货膨胀的情况相当严重,所以相比预算之下出现严重超支,备受各方指责。由于大学设备的先进及豪华,因而被舆论批评为「劳斯莱斯大学」,认为大学十分奢侈。另一方面,虽然大学于兴建前曾举办过设计比赛,但最终并没有使用第一名的设计,也受到当时香港立法局议员的质疑,这些批评一直持续了好几年。
为了推动科技突破,科大仿效普林斯顿大学之「普林斯顿高等研究院」,在2006年成立了「高等研究院」(简称高研院),并邀得著名物理学家杨振宁作为国际顾问委员会主席。