1886年，明治政府为适应国家需要，培养具有国家主义思想的人，颁布了"帝国大学令"，东京大学改名为帝国大学，采用分科大学制，原来工务省管辖的工科大学，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科大学，相继成为帝国大学的工科大学和农科大学，以前原有的几个学部分别改为法政大学、医科大学、文科大学、理科大学;并开始设置研究生院。成为一所名符其实的大学。
1887年制定了"学位令"后，增设博士和大博士学衔。其间，各帝国大学纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国大学的名称前面添上"东京"二字，更深一层含义是使其成为各大学的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科大学制又改为学部制，法学部增设商学系，10年后该系扩充而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝国大学各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生，毕业生中包括了不少国家领导级的人物。
二次大战后，清除了军国主义教育的做法，调整了机构和不合理的制度，并去掉了"东京帝国大学"中的"帝国"二字，重新恢复了最早东京大学的校名。改制后的东京大学又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、第一高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京大学已成为具有10大学部，11个研究生院，12个研究所，数万师生员工的综合大学。1986年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选10所世界著名大学时，东京大学作为亚洲唯一代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。
东京大学是所历史悠久的著名大学，它保持着传统大学的特征：多学院、多学科。全校的学科差不多全是老学科，办学水平很高，几乎所有学科均能授予硕士和博士学位。对新建学科和教学上的改革持慎重的态度，他们认为必须保持学校的一贯传统，不要人云亦云，方能办出高质量和自己的特色。"以质取胜，以质取量"是东京大学的办学目标，全校教职员工是这样认为的：保持学校的稳定和学术上的高水平是维系学校尊严和荣誉所不可缺少的。因此他们在培养人才方面着眼于高质量，为达到这个目标，他们采取了一些措施：为控制学校规模，不宜把学校办得过大，以维持学校运转的高效率，一直把本科学生人数控制在15000人左右;强调大学在搞好教学同时，开展科学研究，多出世界前沿的学术成果;精心选择，建设一支高质量的教授队伍;教学上强调基础知识教育，规定4年制大学生必须有两年时间在教养学部学习共同必修基础课和一部分专业基础课;建立导师带研究生制度，对研究生严格要求，同时充满爱心，悉心指导等等。