该校创始人大隈重信以"学问的独立"、"知识的实际应用"以及"造就模范国民"为办校方针，主张自由探讨学术，提倡独创的钻研精神，培养具有实际应用知识并在国际事务中具有广泛活动能力的人才。 反对当时高等学校只用外语授课的做法，坚持用该国语教学。设有大学本科和研究生院。大学本科包括政治经济学、法学、商学、社会科学、教育学、文学，文化构想学，基干理工、创造理工、先进理工、人类科学、运动科学、国际教养等13个学部。研究生院有政治学、经济学、法学、文学、商学、社会科学、理工学、教育学等20个研究科。附设图书馆、戏剧博物馆、产业经营研究所、比较法学研究所、系统科学研究所、铸物研究所、大学史编纂所、环境保护研究中心、电子计算机研究室等机构。另有高等学院、专门学校、实业学校、高中和初中等附属学校。
该校设有大学本科和研究生院。
大学本科有：政治经济学、法学、文学、文化构想、商学、教育、社会科学，基干理工，先进理工，创造理工，人间科学，运动科学，国际教养，共13个学部。
研究生院有：政治学、经济学、法学、文学、商学等12个研究科。该校还设有图书馆、戏剧博物馆、产业经营研究所、比较法学研究所、系统科学研究所、铸物研究所、大学史编纂所、环境保护研究中心、电子计算机研究室等附属机构，并设有早稻田大学高等学院、早稻田专门学校、早稻田实业学校和早稻田中、高等学校等附属学校。
学术院制度
展开崭新的学术体制
早稻田大学，于2004年9月设置"学术院"，当作新的教员组织。将在此之前被定位为独立机关的本科生院研究生院与研究生院等各个部分归入学术院，目的在于可以促进更为紧密的合作。此外，学术院的设置，不仅有利于机构内的本科生院教育、研究生院教育，使研究功能可以得到更进一步强化，更是把学术院内的各个部分有效结合，使其能够更灵活地应对管理营运上的各种问题。并且，在促进各部分主体性教育研究活动方面，此方式也很值得期待。自2009年4月起，以往不属于学术院的机构外独立研究院(亚洲太平洋研究院、日本语言教育研究院、全球信息及电信研究院、信息、生产及系统研究院、法学院(法学研究院)、环境及能源工程研究院)也全部归入学术院内，这次调整让学术院体制更为完整。
主要的特徵
学术院，为包含系统中的研究生院研究院大学部研究生院等的整个系统之决策机关，一边作整体的掌握，一边藉由学术院教授会作充分的审议，学术院长可以迅速地进行执行。另外，接受院长的指示，在教学会议的最高决策机关---学术院长会，可以进行下列相关表决:
有关研究以及教育的基本方针
教学规则、大学校规、本科生院规则以及研究生院规则等的制定、修改或废除以及运用等相关事项
大学的咨询事项
其它被认定为有必要的事项
具体的审议事项，例如:有关以往本科生院教授会审议事项中的各本科生院学生的教学事项等，改成委托各个学术院教授会或本科生院营运委员会审议。
与从前的决策会议体系的不同之处
本科生院长会、研究生院长会(旧研究院委员长会)、研究生院长会，在规章上"按照需要加以举办"的表达也有所改变，基本上与教学有关的决策，主要在学术院长会上进行。 因此，除了缩短了决策的时间，会议多、议题重复的问题也得以解决，大大提高了会议的效率，对相关事项也可以仔细深入地加以讨论。
有关独立研究院营运协议会
不以本科生院作基础的研究生院研究院(亚洲太平洋研究院、日本语言教育研究院、公共管理研究院、全球信息及电信研究院、信息、生产及系统研究院、法学院 (法学研究院)、金融学研究院、会计学研究院、环境及能源工程研究院、教职研究院)称为独立研究院。自2009年4月起，所有的独立研究院，都归入某个学术院，设置独立研究院营运协议会，作为讨论整个独立研究院共同的重要事项的会议主体。