大学与诸如大堡礁海洋公园组织，澳大利亚海洋学院、基础工业部与澳糖类研究所等机构协作紧密。
大学设有7大学院：文学院、生化医学和保健科学学院、商学院、教育学院、理工学院、法学院和科学院。
院系专业：(本科和研究生)会计学，MBA，旅游管理学，应用科学，文学，生物医学，商科，社区福利，建筑管理学，经济学，教育学，土木工程学，化工学，计算机科学，电子学，电机学，环境工程学，机械学，信息技术，新闻学，法学，音乐，管理学，心理学，护理学，植物学，生化学，地理学，化学，工业化学，地质学，数学及统计学，海洋生物学，物理学，微生物学，动物学，生理学，戏剧，社会工作，热带海洋及环境化学，视觉艺术，(双学位)文学和法学，文学和科学，心理学和教育学，科学和法学，生理学和科学，(专科)商业设计美术，摄影学，博物馆研究，女性研究。
MBA：
只需一年即可完成。
杰出课程：热带兽医学，海洋生物学，应用科学
大学医学院为学生提供6学年度的本科生课程(博士水平)，是在传统教学基础上增加重点在农村和土著的关键课程，此外还有热带医学课程。
大学工学院计算工程硕士课程将重点培养目前国际上奇缺的计算机仿真、数值模拟及计算分析高级人才。学校将为成绩优秀学生提供部分生活费奖学金。学生完成在澳学业后有望在汽车、机械、航空航天、造船、土木建筑、国防、材料、矿冶、环境等中大型跨国公司获取工作机会。毕业生起薪达到每年5至10万澳元。
移民加分：由于詹姆斯库克大学位于澳大利亚联邦政府重点移民地区，在詹姆斯库克大学完成两年以上学习并获取本科学士以上学科者，在技术移民打分上可望获取额外5分，从而使詹姆斯库克大学毕业生在获取绿卡方面具有极大的优势。
