香港中文大学图书馆系统于1963年成立，迄2011年藏书量约达250万册，现时包括以下几间分馆：
大学图书馆(1965年成立)崇基学院牟路思怡图书馆(1951年成立)新亚书院钱穆图书馆(1949年成立)联合书院胡忠多媒体图书馆(1956年成立)李炳医学图书馆(1980年成立)建筑学图书馆(1994年成立)利国伟法律图书馆(2004年成立)各馆之行政均由大学图书馆馆长统筹，并连至香港中文大学图书馆系统，而逸夫书院、善衡书院及晨兴书院并没有自己所属图书馆。
各分馆介绍
崇基学院牟路思怡图书馆
崇基学院牟路思怡图书馆(下称崇基图书馆)于1951年成立，现时大楼是由美国亨利路思基金会，通过美国联合长老会捐款兴建，并于1971年10月29日由亨利路思的妹妹牟路思怡主持揭幕，故命名为牟路思怡图书馆。
崇基图书馆以音乐、宗教、教育、体育学、西方文学及语文、日本文学及语文、语文及语言学之藏书为主。馆内亦设有教学资料特藏，搜罗本地中小学各科教材，以教科书为主。
图书馆楼高四层，流通服务及参考咨询服务设于地下。入口附设还书收集处，方便读者归还书籍。参考资料、通识教育读物、新增馆藏、报章及显微胶卷等亦置于地下。夜读室设有独立出口，为同学在图书馆闭馆后提供阅读空间。存放期刊合订本的密集式书架设于地库，现刊及开架书库则置于一楼及二楼。
本馆各层的电脑均设有线上目录，地下、一楼及二楼更设置资讯廊，备有多媒体电脑供同学完成作业。此外，崇基图书馆均支援无线上网。
新亚书院钱穆图书馆
新亚书院图书馆成立于1954年，最初位于九龙农圃道(即新亚书院原址)。1973年迁入香港中文大学，并以新亚书院创办人钱穆命名。
图书馆的设计仿效美国肯塔基州碧理亚学院图书馆。馆内除设有居高临下的阁楼外，亦展出访问艺术家及艺术系师生作品。
新亚书院钱穆图书馆每月精选一位著名的中国现代文学作家，介绍其生平和著述概况，并展出部份著作的珍贵版本。
联合书院胡忠多媒体图书馆
联合书院图书馆始创于1956年。因胡忠在1972年慨捐馆舍，座落中文大学联合书院校园，故命名为胡忠图书馆。2001年，胡忠图书馆成为大学图书馆系统中一所主要涵盖各种学科的非印刷资料收藏馆，同年易名为联合书院胡忠多媒体图书馆。馆藏资料包括数码影像光碟、镭射影碟、视像光碟、镭射唱碟、录像带、录音带及交互式多媒体只读光碟等，并设有视听中央派送系统及独立视听座位。
馆藏资料只限于馆内使用，惟资料亦可外借在校园内作教学用途。
李炳医学图书馆
李炳医学图书馆(下称医学图书馆)由李颀祥、李颢祥及其兄弟们捐赠，于1980年正式成立，并以李氏兄弟已故父亲李炳士命名。2002年医学图书馆获拨额外用地展开翻新及扩建工程，并于2003年2月28日完工。
医学图书馆位于威尔士亲王医院临床医学大楼二楼。为配合医院临床教学课程的需要，医学图书馆着重收藏临床和医学科学书刊。而临床前期的书刊、护理学和药剂学的资料则和其他学科一并存放在大学图书馆。
“香港国际医学资讯中心”于1996年在医学图书馆内正式成立，主要扮演着邻近地区生物医学资源中心的角色，为香港中文大学特别是世界各地的专业医护人员提供文献传递服务。
建筑学图书馆
利国伟法律图书馆