1.海德堡大学Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg 巴登-符腾堡州
在医学方面，海德堡这座德国最古老的大学拥有超过600年的教育和研究历史，因此一方面海德堡大学拥有极高的资质跟经验，另一方面大学还关注21世纪医学反战的新动向并不断接受挑战。海德堡大学始终以时间为导向，坚持小组式的教学方式，让在校学生能够亲身体验治疗的方式方法。有创新性的深入研究是医学发展进步的引擎，海德堡大学及其辅助医疗机构，生命科学院均与国际大型研究院保持紧密的合作，比如德国癌症研究中心、海德堡生物化学中心、海德堡分子生物中心、马克斯-普朗克(简称马普)医学研究所以及欧洲分子生物实验室等科研机构。
二十世纪初便从这里走出了两位诺贝尔医学奖得主：阿尔布莱希特-考索尔(Albrecht Kossel)在蛋白质和核酸研究中取得巨大成果获1910年诺贝尔生理学医学奖。另一位是奥托-弗里茨-麦耶豪夫(Atto Fritz Meyerhof)鉴于研究生物反应链取得成果，获1922年诺贝尔生理学医学奖。这座充满生机的校园正在为更多的病人带去福音。
2.柏林自由大学 Freie Universität Berlin 柏林州
柏林自由大学拥有德国最重要的医学培训中心，并且于夏洛特(Charité)中心紧密合作。夏洛特是迄今为止欧洲最大的综合医院，也是欧洲最具传统的医院之一。虽然这个名字在中国并不为人熟知，但在欧洲夏洛特医院因其杰出的医疗、医学科研和严谨的态度久负盛名。德国超过一半的诺贝尔医学及生理学奖获得者来自于这个医学中心，可谓是医学界的泰山北斗。诺贝尔医学和生理奖获得者包含:
征服黑喉的先驱者埃米尔·冯·贝林(Emil von Behring),
世界病原细菌学的奠定人，罗伯特·科赫(Robert Koch),
体液免疫实际创立者、化学疗法的前驱保尔·埃利希(Paul Ehrlich)，
心净导管的收明人沃纳·福斯曼(Werner Formann)等。
夏洛特为欧洲乃至全球培养着一代又一代优秀的医生，以专业分为17个中心，其下再分为100多个专业或研究所。每一年约10亿欧元的产值，每月平均进行6750次手术，让其稳居柏林最大的教学培训机构。这无不印证着夏洛特中心在德国甚至欧洲、全球的重要地位。
早在19世纪初的柏林，当时的统治者和社会粗英就着手创建了集医学教育，医学科研和治疗为一体的医院。大约1810年时，随着柏林洪堡大学的建立，这个医院作为洪堡大学的医学院担当起培养栽培医生的任务，同时又初步有了医学科研。宽松安闲的学术气氛使得夏洛特医院从1840到1920进入了第一个辉煌阶段，成为全国著名的医院和医学教育机构，具有世界公认的高水平的医学教学和医学科研。在日后的冷战中，柏林自由大学承接自由的意志在西柏林建立。夏洛克医学院继续培养栽培年轻的医生并不断开拓德国医学界的新辉煌。
3. 科隆大学 Universität zu Köln 北莱茵-威斯特法伦州
科隆大学的医科有超过3400位在校学生，大约1800位专业教师以及50座不同的诊疗所、医疗机构、研究和进修中心。治疗教育系(Heilpädagogische Fakultät)是全世界最大的特种治疗系。 从2003年科隆大学就开始提供以实践为导向的人类医学专业，牙医也会在近期进行整合。因此在科隆专业技能实验室(KISS)学生的医学知识和技能会在真正接触病人之前不断地得到训练。在组织激素稳态、新陈代谢和功能衰退方面的研究，科隆大学一直走在前列。大学的分子医学中心(ZMMK)与跨学科的其他专业和大学外部的科研机构亦保持着紧密的合作，比如数学-自然科学系，科隆马普研究所。
4.基尔大学 Christian-Albrechts-Universität zu Kiel 石勒苏益格-荷尔斯泰因州
在医学研究领域，基尔大学医院对骨盆腔检查的器械和外科手术的发展，以及对世界范围内的最少感染外科手术的发展具有相当的影响力。
5.波鸿鲁尔大学 Ruhr-Universität Bochum 北莱茵威斯特法伦州
波鸿大学自1962年建校，不断发展扩大，目前拥有整个德国最为完整的专业设置。该校设有20个系以及100多个不同的专业，跨领域之间交流也十分频繁，灵活的考试条件也使得毕业变得更快捷，经过四十年的发展，波鸿大学现在已拥有20个系，约100个专业，其专业设置之广泛在德国的大学中居于前列。德国研究协会的莱普尼茨奖授予了这个大学的医学系。神经学是它被公认的强项。医学领域的教学和科研都在全国具有重要地位。
德国部分开设医学专业的大学：