卡塔赫纳综合技术大学成立于1998年，但其历史要追溯到14世纪，在经历了多年的酝酿之后，创建了一所卡塔赫纳地区矿物实践学院。在1871年，被命名为矿物大师专业学院，开始教授矿产课程，在1883年，才正式诞生了驾驶员技师和矿产监工学院。
工业课程的传授开始于1901年，那是附属于瓦仑西亚大学开始授课的。大学逐渐在教育服务中又加入了其他专业。到1972年已有4门专业：机械建筑，工业设施和结构，电力线路和电力中心，以及电子工业。
1977年，在穆尔西亚大学诞生了综合技术学院，她不仅致力于完善矿产专业，也力图完善工业专业。随后，创建一所综合技术大学的想法逐渐形成。到1993年，一所综合技术高级学院诞生了，她传授不同的技术专业文凭的课程，但该学院却于1996年解散。之后，又成立了4个中心：农业工程师高等技术学院，工业工程师高等学院，矿产和工程技术学院，和航海工程技术学院，现在，正是这些中心组成了卡塔赫纳综合技术大学。
大学分布在2个校区：Muralla del Mar 大学校区(那里有工业工程高等技术学院和通讯工程高等技术学院)和阿尔方索十三世大学校区，该校区容纳了农业工程高等技术学院，民用技术工程学院，航海技术工程学院，和企业科学系。两个校区都座落于卡塔赫纳市，相距不远。除了这些中心外，卡塔赫纳综合技术大学还有两个指定中心：职业关系学院和旅游学院。