长崎国际大学设有人类社会学部(国际观光学科、社会福祉学科)、健康管理学部(健康营养学科)、药学部(药学科)、大学院设有人类社会学研究科(地域经营管理专攻(博士后期课程)、观光学专攻(硕士课程)、社会福祉学专攻(硕士课程))、健康管理学研究科(健康营养学专攻(硕士课程))。
校长致辞：长崎国际大学自开学至今已有8年，现在形成了3学部2研究科，具备学部教育和大学院教育联合协作的知识密度浓厚的学习环境。学生也来自国内外各地区。
学校向着学部培养专门职业人，大学院培养高度专门职业人和研究者的目标迈进着坚实的步伐。在教育研究方面，学校着力于在学习专业知识和技能的同时培养学生的知性感性以及人格性的育成。我校学部的毕业生每年就职率超过了90%。