霍普金斯大学以医科驰名于世，为美国现代医学圣地。该校所有跟生物沾亲带故的专业，都在美国名声斐然，其中包括 生物医学工程、化学和生物化学等。大学的医院是学生们搞临床研究的好去处， 约翰·霍普金斯医院几乎年年被医学杂志评为最好的医院。其它科目如英语、历史、美术、国际关系、政治科学、政治经济十分出色。其它学科文、理、工也相当不错。
一个多世纪以来，霍普金斯被公认为在医疗、科研及教学方面处于世界领先地位。它拥有卓越的医学科研人员、医生、护士、技师、各种临床专科的专家、志愿者等2万5千余人。此外，它还拥有一所医学院、三所附属医院，和一些为本地、国内以及国外病人服务的延伸项目。这所忙碌的医学集团的中心是拥有1039张床位的约翰·霍普金斯医院，有近2000名医生，他们同时又是医学院的教研人员，从事研究工作。还有3300名护士以及2600名实习生、住院医生、医学生、研究生和博士后在协助他们开展工作。
医学与公共卫生领域历来是霍普金斯大学的强项。霍普金斯医学院与哈佛医学院齐名。其布隆伯格公共卫生学院更是常年排名全美第一。泰晤士高等教育增刊评选，霍普金斯在生物医学和生命科学领域全球排名为第三。霍普金斯大学是获得美国联邦政府拨款和美国国家卫生研究院(NIH)研究经费最多的大学。作为霍普金斯大学医学院的教学和科研医院，约翰霍普金斯医院连续20年名列全美最佳医院榜首。
霍普金斯大学的其他学科也非常出色。学校的生物学、生物医学、生物医学工程、电子工程、环境工程、人类发展、家庭研究、健康科学、人文学、物理学、数学科学、国际事务等研究生专业均排名全美前十。
霍普金斯医院的董事会请来毕灵斯负责设计建造，直到1889才正式建成，毕灵斯还积极参加了医学院的筹建工作。霍普金斯医院建成后，本想走美国其它医学院的老路，在医院的基础上自行授课，只与大学保持表面的联系，靠从学生那里收费来维持，没有实验室、没有入学标准、临床课在病房内进行，霍普金斯大学校长吉尔曼马上阻止了这一企图。吉尔曼很早就在筹建医学院，1877美国第一次全国总罢工爆发，大学的基金本金贬值，收入减少，使其计划搁浅。后来吉尔曼求教于专家，采纳了医学院应当以病理学为核心的建议，并且聘请在纽约贝拉芙医学院工作的韦尔奇任院长兼病理学教授。韦尔奇放手组织医学院，他和他请来的教授都是美国当时医学各领域的权威，他们让实验室取代了课堂授课的重要性，学习由记忆转变为理解，从阅读听课转变成观察和亲自动手。韦尔奇为医学院设计的医学课程结构是，临床基础课(解剖学、生理学、药理学、病理学等，与实验室教学相联系，临床课程(内科、外科、妇科等)与附属医院的治疗及其实验室相联系，而附属医院各科主管皆由医学院的教授担任。1893在接到著名女士凯芮.托马斯(后来就任布林莫尔女子学院校长)与玛丽.盖莱特等人成立的全国性“妇女基金委员会”捐赠的50万美元善款，霍普金斯大学的医学院才得以成立，玛丽.盖莱特是巴尔的摩-俄亥俄铁路公司总裁的女儿，她一个人前后两次共捐了35万美元。“妇女基金委员会”成了医学院的大东家，它唯一的条件就是要求这所医学院招收女生。女士们设想的招生政策其实与韦尔奇基本相同，但韦尔奇和吉尔曼不愿意听从女人的指挥，以其人之道还治其人之身，把招生标准又提高了一步。新生必须具有学士学位，有丰富的化学、生物、法语、德语知识，还要有数学、物理、拉丁文等学科的基础知识，霍普金斯医学院将入学标准定得如此之高在美国尚属首次，据说教授奥斯勒对韦尔奇开玩笑说：“韦尔奇，我们非常幸运到这当教授，否则的话，你我可能都不够格到这儿来当学生。”1893霍普金斯医学院正式开学，首届有18名学生，其中有3名女生，到1900它的医学教学就被认为是世界上最好的，甚至超过了德国的医学院。霍普金斯大学医学院早期最著名的女毕业生当属弗洛伦斯.萨宾，她从史密斯学院毕业后1896到霍普金斯学习，师从富兰克林.茅尔，在其指导下对淋巴组织的结构做出重大发现。有了卓著的研究成果，萨宾在学术的金光大道上威名赫赫，1903被聘为肋教授成了霍普金斯大学第一位女教师，1924成为美国解剖学家学会第一位女会长，1925成为美国科学院第一位女院士，同年她被西门.福莱克斯纳请到洛克菲勒医学研究所(洛克菲勒大学的前身)主持细胞学研究，萨宾被公认为是美国20世纪上半叶最杰出的女科学家。
