日本大学研究生的申请基本分为两种：内诺制以及直申。
内诺制
日本大多数大学的大多数研究科(即中国的院系)采取内诺制的方式招收留学生研究生。学生需要提前半年到一年和意向大学的意向教授取得联系，并获得教授的认可，取得内诺，方才有了去日本读研究生的资格。在内诺制的研究科里，教授对于招收学生有绝对的话语权。比如东北大学以及鼎鼎大名的京都大学就是以内诺制为主。按专业来划分的话，理工科的内诺制研究科会相对较多。
直申
直申即不需通过与教授的联系，直接向学校或者研究科提交研究生的申请。这种申请制度下，单个教授对招收学生的话语权相对有限，通常需要教授开会来审议学生是否有资格作为研究生进行学习。北海道大学以及名古屋大学需要去直申的研究科相对较多。以专业来说，商科、法学遇到直申的情况会高于其他专业。
