日本山口大学学部专业设置：
人文学部(人文社会学科、语言文化学科)
教育学部(学校教育教员养成课程、实践临床教育课程、情报科学教育课程、健康科学教育课程、综合文化教育课程)
经济学部(经济学科、经营学科、国际经济学科、经济法学科、观光政策学科、商业教员养成课程)
理学部(数理科学科、物理情报科学科、生物化学科、地球圈系统科学科)
医学部(医学科、保健学科)
工学部(机械工学科、应用化学科、社会建设工学科、电气电子工学科、智能情报工学科、循环环境工学科、感性设计工学科)
农学部(生物资源环境科学科、生物机能科学科、兽医学科)
日本山口大学大学院专业设置
大学院设有人文科学研究科、教育学研究科、经济学研究科、医学系研究科、理工学研究科、农学研究科、东亚研究科、技术经营研究科、联合兽医学研究科、联合农学研究科。